بايد دانست كه تقريبا قسمت نفس طبيعيات كتاب نجاة عينا مانند كتاب معاد مى‌باشد و اختلاف بين آنها بسيار ناچيز و اندك است. بنا بر اين مى‌توان بطور قطع و يقين ادعى نمود كه اين قسمت از شفا از كتاب معاد نقل شده است، بعلاوه طبق روايات و اظهارات مورخان، شيخ كتاب معاد را در رى در خدمت سيّده خاتون و مجد الدوله ديلمى و كتاب نجاة را در اصفهان برشته تحرير درآورده است، چنان كه ابن ابى اصيبعه راجع بكتاب نجاة در كتاب عيون الانباء چنين مى‌نويسد: «فانه صنّفها فى السنة التي توجه فيها علاء الدوله الى ساپور خواست فى الطريق و صنّف ايضا فى الطريق كتاب النجاة» همو در صفحه 19 مى‌نويسد: «كتاب النجاة صنّفه فى طريق ساپور خواست و هو فى خدمة علاء الدوله» و قفطى در صفحه 275 كتاب اخبار الحكماء بهمين مطلب اشاره مى‌كند.

قسمت مهم مباحث مربوط به نفس كتاب شفا را نيز شيخ از كتاب معاد نقل نموده است و دليل صحت اين امر آن است كه بگفته بيهقى و قفطى و ابن ابى اصيبعه، شيخ طبيعيات شفا را جز كتاب نبات و حيوان در همدان و بقيه آن را در اصفهان تأليف نموده است، چنان كه ابن ابى اصيبعه در صفحه 6 كتاب عيون الانباء مى‌نويسد: «فابتدأ بالطبيعيات من كتاب سمّاه الشفاء» و همو در صفحه 7 نويسد: «و تم الكتاب المعروف بالشفاء ما خلا كتابى النبات و الحيوان فانه صنّفها فى السنة التي توجه فيها علاء الدوله الى ساپور خواست فى الطريق». و صاحب تتمه صوان الحكمه در صفحه 48 و 49 مى‌نويسد: «ثمّ سأله الفقيه ابو عبيد شرح كتب ارسطو فذكر أنه لا فراغ له و لكن ان رضيت منى بتصنيف كتاب اورد فيه ما صحّ عندى من هذه العلوم بلا مناظرة مع الخصوم و الاشتغال بالرّد عليهم فعلت ذلك قال ابو عبيد فرضيت بذلك فابتداء بالطبيعيات‌