شبهات مربوط به تفسير قرآن كه مشتمل بر محورهاى فرعى ذيل مى‌باشد: تفسير مأثور (نقلى)، تفسير به رأى و برداشت‌هاى فرقه‌اى خاص مثل متصوفه كه در زبان شبهه‌كنندگان اسم تفسير گرفته‌اند، حال آن‌كه در واقع تطبيق قرآن بر عقايد خاص- براى مقاصد معين- است.

در تمامى اين عرصه‌ها- چه از نوع كهن مانند آنچه در آثار فخر رازى و عبدالجبار معتزلى ديده مى‌شود و چه از نوع جديدشان همچون تشكيك در وحيانى بودن ساختار قرآن و تركيب كلامى لفظ آن- آيت‌الله معرفت، به طور مشروح وارد شده و با پرداختن به تحقيقاتى گاه بسيار پر رنج و دشوار، ابعاد مسأله را روشن كرده و پاسخ گفته است. از نظر منبع، نگاه وى به طور قابل توجهى به شبهات مطرح شده در كتاب «آراء المستشرقين حول القرآن الكريم» نوشته «عمر ابراهيم رضوان» و نيز بيان امروزى‌تر آن‌ها در اينترنت بوده است. عمدتاً ديدگاه‌هاى وى در شش محور زير پى گرفتنى است:

1. تأثيرپذيرى از كتب پيشين و اسطوره‌ها

اسطوره انگارى قصص قرآن مبتنى بر دو دسته شواهد است:

الف- شواهد تاريخى: به اين معنا كه پيدايش نشانه‌هايى در كاوش‌هاى باستان شناسانه، اين فكر را ايجاد مى‌كند كه نقل اين قبيل داستان‌ها قبل از ظهور اسلام و حتى ساير اديان آسمانى سابقه داشته است و بنابراين، قصص كتب آسمانى برگرفته از اين افسانه‌هاست. همچنين وجود شباهت‌هاى بسيار بين اين قصص با متن اسطوره‌ها يا تورات، موهم اين است كه قرآن نسخه تورات است و يا مستقيماً از اساطير باستانى گرفته شده است.

ب- شواهد متنى: وجود مواردى- به نظر صاحبان اشكال- مخالف عقل و علم و وجدان در اين قصص، آن‌ها را به اوهام و خرافات موجود در اسطوره‌ها شبيه مى‌كند. به عنوان مثال در مورد طوفان نوح اشكالات زير قابل توجه است:

چطور ممكن است، جفتى از تمامى گونه‌هاى موجودات در فضاى يك كشتى با ابعادى معمولى جا بگيرند؟ چطور مى‌توان براى چنين جماعت عظيمى از موجودات در اين مدت نسبتاً طولانى آب و غذا فراهم كرد؟ ريزش چهل شبانه روز باران، حجمى از آب توليد نمى‌كند كه تمام كره زمين را آب بپوشاند، همان‌طور كه در بعضى از نقاط بيش از اين مقدار در طول سال باران مى‌بارد، اما تمام كره زمين را فرا نمى‌گيرد! چطور اين طوفان سهمگين آثار تاريخى مربوط به زمان‌هايى بس پيشتر از وقوع خود را از بين نبرده است؟ محاسبه شده است‌