موضوع عجيب‌تر وجود تناقض در رسم‌الخط مصحف عثمانى است؛ به نحوى كه كلمه‌اى را در جايى به شكلى نوشته‌اند و همان كلمه را در جاى ديگر به شكلى ديگر و اين خود نشان مى‌دهد كه نويسندگان اوّليه تا چه حدّ از شناخت اصول كتابت به دور بوده‌اند تا آنجا كه حتى نتوانسته‌اند دست‌كم روش واحدى در ثبت و ضبط كلمات اتخاذ كنند. چنان كه در آيه 247 سوره بقره كلمه «بسطة» با سين و در آيه 69 از سوره اعراف با صاد «بصطة» نوشته شده است. و نيز كلمه «يبسط» در آيه 26 سوره رعد با سين و در آيه 245 بقره با صاد ضبط گرديده است. از اين قبيل تناقضات در مصحف عثمانى زياد وجود دارد.

اينك نمونه‌هايى از اين تناقضات را در زير مى‌آوريم:

سوره/ آيه/ املاء قديم/ سوره/ آيه/ املاء معاصر كهف 77/ 1. «لو شئت لتّخذت»/ اسراء 73/ «إِذاً لَاتَّخَذُوكَ» شعراء 176/ 2. «اصحاب لئيكة» ص 13/ حجر 78 و ق 14/ «أَصْحابُ الْأَيْكَةِ» ابراهيم 21/ 3. «فقال الضّعفؤا»/ توبه 91/ «لَيْسَ عَلَى الضُّعَفاءِ» يونس 49/ 4. «فلا يستئخرون ساعة»/ اعراف 34/ «لا يَسْتَأْخِرُونَ ساعَةً» غافر 50/ 5. «و ما دعؤا الكافرين»/ رعد 14/ «وَ ما دُعاءُ الْكافِرِينَ» حج 10/ 6. «ليس بظلّام للعبيد»/ آل عمران 182/ «لَيْسَ بِظَلَّامٍ لِلْعَبِيدِ» فرقان 9/ 7. «ضربوا لك الامثل»/ اسراء 48/ «ضَرَبُوا لَكَ الْأَمْثالَ» قمر 6/ 8. «يوم يدع الداع»/ بقره 221/ «وَ اللَّهُ يَدْعُوا إِلَى الْجَنَّةِ» بقره 28/ 9. «فأحبكم ثمّ يميتكم»/ حج 66/ «أَحْياكُمْ ثُمَّ يُمِيتُكُمْ» قريش 2/ 10. «إي لفهم رحلة»/ قريش 1/ «لِإِيلافِ قُرَيْشٍ» طه 94/ 11. «قال يبنؤمّ»/ اعراف 150/ «قالَ ابْنَ أُمَّ» هود 87/ 12. «في اموالنا ما نشؤا»/ حج 5/ «فِي الْأَرْحامِ ما نَشاءُ» ابراهيم 34/ 13. «و إن تعدّوا نعمت اللّه»/ نحل 18/ «وَ إِنْ تَعُدُّوا نِعْمَةَ اللَّهِ» فاطر 43/ 14. «فلن تجد لسنّت اللّه»/ فتح 23/ «و لن تجد لسنة الله» فاطر 40/ 15. «على بيّنت منه»/ محمّد 14/ «عَلى‌ بَيِّنَةٍ مِنْ رَبِّهِ»