مورد ولايت فقيه در زمان غيبت مطرح مى‌گردد؛ چرا كه امامى كه او را قاضى و حكم قرار داده حضور ندارد، (و اختلاف بالا در اين مورد هم وارد است) البته فقها بر استمرار ولايت فقيه بعد از فوت امام عليه السّلام اجماع دارند ....[1] براساس نظر شهيد ثانى، به رغم اختلاف‌نظر مطرح شده، فقها در دو مطلب اتفاق دارند:

1. اين‌كه افراد منصوب از سوى امامان عليهم السّلام مثل قضات، نايب آن‌هايند و ولايتشان فرع بر ولايت ايشان است.

2. ولايت فقها در زمان غيبت امام عليه السّلام همانند زمان حضور به اذن او بوده است و در استمرار آن نيابت شكّى نيست.

2. محقق اردبيلى (993 ق)

... فقيه در زمان غيبت، نايب از امامانى عليهم السّلام كه فوت كرده‌اند نيست، تا با فقدان آن‌ها عليهم السّلام فقيه منعزل گردد (و اين امر روشن است)؛ بلكه نايب از صاحب الامر عجّل اللّه تعالي فرجه مى‌باشد، و اذن حضرت عليه السّلام ثابت است با

[1] -« قوله:( إذا مات الامام عليه السّلام ... الخ). اختلف كلام الشيخ و غيره‌[ قواعد الاحكام، ج 2، ص 202] من الفقهاء فيما لو مات إمام الاصل عليه السّلام هل ينعزل القضاة أم لا؟ فقيل: ينعزلون مطلقا، لانهم نوابه، و ولايتهم فرع على ولايته، ... و قيل: لا ينعزلون، لان ولايتهم ثبتت شرعا فتستصحب، و لما يترتب على الانعزال من الضرر العام اللاحق بالخلق بخلو البلدان عن الحكام ... فتتعطل المصالح ... و قد يقدح هذا فى ولاية الفقيه حال الغيبه، فإن الامام عليه السّلام الذى‌[ قد] جعله قاضيا و حكما قد مات( فيجرى فى حكمه ذلك الخلاف المذكور)، إلا أن الاصحاب مطبقون على استمرار تلك التولية ...». شهيد ثانى، مسالك الافهام، ج 13، ص 359.