منطقى را بررسى كند و ميراث قديم يونان را از مسائل افزوده توسط فلاسفه مسلمان بازشناسى كرده و ارزش واقعى نظريه‌ها را بيان نمايد. مطهرى با همين روش آراى فلاسفه‌ى پيشين را پى‌گيرى كرده و به نحوى دقيق به تحليل آنها پرداخته و به كانونهاى سهو و اشتباه آنها پى برده است. چنان كه بيش از يك بار به عدم دقت ملاهادى سبزوارى در تعيين تاريخ برخى مسائل فلسفى اشاره دارد، همانند نسبت مقوله وحدت وجود به فلاسفه پيشين ايران (فهلويون) يا خطاى ايشان در برخى مسائل مانند نظر وى در تفسير قضيه حقيقه. كسى كه در بررسيهاى فلسفى مطهرى بنگرد خواهد يافت كه وى به وضوح به اشتباهات شمارى از فلاسفه- افزون بر يك مورد- و پيامدهاى ناشى از آن اشتباهات در علوم ديگر اشاره دارد.

2- 6- شيوه تحقيق تطبيقى (مقايسه‌اى): نمايان‌ترين مشخصه پژوهشهاى فلسفى مطهرى كاربرد شيوه تطبيقى در بحثهاست، چه بسيار او را مى‌يابيم كه در بين نظرات فلاسفه مسلمان در يك مسأله به مقايسه پرداخته و هم‌چنين بين نظرات آنان و نظرات فلاسفه‌ى پيشين يونان و پسين اروپا، آراى اين فيلسوفان را عرضه و آنها را ارزيابى مى‌كند. برخى را نقض و از برخى ديگر پشتيبانى مى‌كند. به همين سبب آرا و اسماى برخى كسان در سخن وى تكرار مى‌شود. چون ارسطو، افلاطون، فارابى، ابن‌سينا، شيخ اشراق، نصيرالدين طوسى، صدرالمتألهين، دكارت، كانت، هگل، ماركس، سبزوارى، علامه طباطبايى و ديگران.

اين‌سنجشها در محدوده اقوال فلاسفه نمى‌ماند، بلكه تا مرز سنجش بين سخنان‌آنان‌با عارفان و متكلمان و در مسائلى كه نزاع بين دو دسته در آنها درگرفته‌است، پيش مى‌رود، چون مسأله حدوث زمانى جهان كه متكلمان قائل بدان بودند و حدوث ذاتى آن كه فلاسفه برآنند، همان گونه كه گريز مى‌زند و به‌گونه‌اى دراز دامن بررسى مى‌كند و بر جزءجزء آن درنگ مى‌نمايد و تحليل مى‌كند. و آنچه را كه پژوهشهاى ديگر- جز فلسفه- در آن باره به انجام رسانده‌اند پيش مى‌كشد. تا آنجا كه پژوهش در تمام ابعاد به كمال برسد و در سرانجام كار در پرتو داده‌هاى به دست آمده از پژوهش و دنبال كردن آن در دانشهايى چند، رأى خود را به اثبات مى‌رساند. از سوى ديگر او را مى‌بينيم كه بين خود علوم به مقايسه مى‌پردازد و مى‌كوشد تا نقاط اشتراك و افتراق آنها را دريابد. همان‌گونه كه در بررسى مشاهده مى‌كنيم كه در آن از تفاوت بين فلسفه ومنطق يا فلسفه و عرفان و رابطه بين آنها و فايده هر يك مى‌گويد و نكته‌پردازى مى‌كند.