از اين عبارت برمى‌آيد كه فقيه در عصر غيبت به نيابت از امام‌زمان، همان ولايت امر و امامت ايشان را داراست. به تعبيرى ديگر، ولايت امر و امامت امت اصالتاً متعلق به امام‌زمان (عج) است و در عصر غيبت، فقيه به جاى او همين منصب را عهده‌دار است. بنابراين تمام اختيارات امام‌زمان (عج) به فقيه نيز تعلق مى‌گيرد.

در اصل دوم قانون اساسى نيز يكى از پايه‌هاى نظام، ايمان به امامت و رهبرى مستمر و نقش اساسى آن در تداوم انقلاب اسلامى دانسته شده كه گواهى است بر همين مدعا. پس بازنگرى قانون اساسى در سال 1368، ولايت مطلقه مورد تأكيد بيشتر قرار گرفت و اصل 57 بدين منظور اصلاح شد:

قواى حاكم در جمهورى اسلامى ايران عبارت‌اند از قوه مقننه، قوه مجريه و قوه قضاييه كه زير نظر ولايت مطلقه امر و امامت است. بر طبق اصول آينده اين قانون اعمال مى‌گردند.

در اين اصل، هم به ولايت مطلقه و هم به زير نظر ولايت امر بودن قواى سه‌گانه تصريح شده است.

اصل 110 قانون اساسى نيز يكى از وظايف و اختيارات رهبرى را چنين دانسته است:

حل معضلات نظام كه از طريق عادى قابل‌حل نيست، از طريق مجمع تشخيص مصلحت نظام ....

همان‌گونه كه در مشروح مذاكرات بازنگرى قانون اساسى آمده است، در صورت پيدايش معضلى در كشور كه از طريق عادى (مانند تمسك به اصول قانون اساسى و يا قوانين عادى) قابل حل نيست، رهبر بايد پس از مشورت با مجمع تشخيص مصلحت نظام به حل آن اقدام نمايد. اين اصل نشان‌دهنده اختيارات ويژه رهبرى در حل معضلات كشور است.

درواقع ولايت مطلقه فقيه به معناى عدم‌پايبندى به قانون نيست، بلكه بدين معناست كه هرگاه در كشور شرايط ويژه‌اى پيش آيد كه قوانين موضوعه پاسخگوى آن نباشد، اينجاست كه ولايت مطلقه بر مبناى مصلحت جامعه وارد عمل مى‌شود و با مشورت مجمع تشخيص مصلحت نظام تصميمات فراقانونى مى‌گيرد.