پس از درگذشت شيخ انصارى در 1281 ه. ق، محقق همدانى به درس آيت اللّه ميرزا محمّد حسن شيرازى رفت، و سالهاى فراوان از محضر پربار او بهره برگرفت.[1]

همچنين در نجف، مدتى چند از درس علامه سيد محمّد هاشم خوانسارى اصفهانى استفاده كرد.[2]

اما عمده استفاده‌اش از درس ميرزاى شيرازى بود، به‌طورى كه به او اختصاصى تام و علاقه‌اى وافر داشت. البته در مقدمه مصباح الفقيه از آيت اللّه ميرزا محمّد تقى شيرازى نيز به عنوان يكى از مشايخ او نام برده شده، اما اين قول بدون مدرك است.

هجرت به سامرا

در سال 1291 ه. ق، ميرزاى شيرازى نجف را به سوى سامرا ترك كرد و با تأسيس حوزه علميه سامرا، طرحى نو درافكند.

به دنبال مهاجرت ميرزا، شاگردانش هم گروه‌گروه به سامرا رفتند، كه يكى از آنان حاج آقا رضا همدانى بود. وى در سامرا از برترين و معروفترين شاگردان استادش بود و درس و بحثش زبانزد همگان به شمار مى‌رفت. او مرتب تقريرات درس ميرزا را مى‌نوشت. در ميان شاگردان ميرزا بسان خورشيد مى‌درخشيد، و آگاهترين ايشان در فقه و اصول شمرده مى‌شد.[3]

بازگشت به نجف‌

محقق همدانى پس از آنكه چند سالى را در سامرا به تدريس، تأليف و تحصيل پرداخت، در زمان حيات ميرزا به نجف اشرف بازگشت و به تدريس، تأليف، اقامه جماعت و تربيت شاگردان پرداخت. البته سال بازگشت وى به درستى روشن‌

[1]. مرعشى نجفى، الاجازه الكبيره، ص 414.

[2]. موسوى كاظمى، احسن الوديعه، ج 1، ص 179.

[3]. تهرانى، نقباء البشر، ج 2، ص 777.