وأما الظاهرة الثانية والتي تلازم الظاهرة الأولى وقد تنبع منها، فهي شيوع المدارس التي تحتضن النافرين الى النجف من طلبة العلوم الشرعية الوافدين إليها من بقاع شتى ليتفقهوا في الدين ولينذروا قومهم إذا رجعوا إليهم، إضافة إلى طلبة العلوم من أبناء النجف وما جاورها من القصبات والمدن، حتى إذا ضاقت المدرسة، أستحدثت مدرسة وسطى، وربما تتبعها مدرسة صغرى على أن ذلك الجهد الجهيد لم يكن بدعم من السلطة العثمانية ولا مباركتها، ولا استدراراً لخيرات البلد وتوظيفها، ولم يكن كذلك عن يسرٍ ورفاه، فالفقر هناك كانت له وقاحة وعُرامة تفوق حد الوصف، لقد تمّ ما تمّ بجهود ثُلةٍ من أبطال العلم وفرسان الفضيلة اللذين أعطوا كُل أعمارهم وما يملكون بأصرار عجيب ودون انتظار منةٍ ولا مباركة من أحد، لقد كانوا رعاةً أمناء، ومعلمين ومربين كبار، شعروا بمسؤولية العلم وحفظوا امانته بوقت كانت الدولة ( (العلية)) تبيع المناصب لمن يدفع وكان مما يحمد لهذا النفر الحميد رغبتهم الثابتة في النأي بعيداً بالعلم عن التأثيرات الخارجية، والأستقلال به وبمناهجه عن كل طامعٍ بأستغلاله بعيداً عن الروح العلمية الصافية النظيفة.

ومن محاسن هذا العصر بروز ظاهرة ( (المرجعية الجماعية)) أو شي‌ء قريب من هذا الوصف إذا نأى عنه فهو لا ينأى بعيداً فلقد كان أمر التقليد محصوراً بالشيخ جعفر الكبير فلم يكن عالماً مقلّداً سواه، وكان السيد بحر العلوم يأمر أهله وعياله بتقليده-- أي الشيخ جعفر-- وجُعل الإتمام بالناس للشيخ حسين نجف فلم يكن إماماً سواه في جميع تلك البلد، وكان العلماء جميعاً-- حتى السيد والشيخ-- يصليان خلفه وكانت صلاة الجماعة تقام في المسجد الهندي وهو جامع البلد حيث لم تكن الصلاة في الصحن معروفةً قبلُ.

بيد أن دواعي الموضوعية تُلزِمُ أن لا نُسرِف في ذكر المحاسن حَدَّ تنكب جادة الحياد، حيث لابد من التذكير بأمور منها، إستمرار وعُورة العبارة الفقهية حيث لم تشهد هذه الحِقبة تيسير الفقه وتمكين الناس من فهمه، أما المناهج الدراسية فكانت ضمن مواصفات تلك المرحلة الزمنية وكانت على كثير من المحافظة والجمود، حتى أن الكثير من الشيوخ كان .. يحذر أو بعبارة أخرى يبتعد عن الرأي المستقل والذوق الخاص، وكان الميل واضحاً إلى كتابة التقريرات والشروح وربما كتابة الحواشي على‌