منهم من يرى وجوب إخلاء المدينة أمام الغزاة تقديماً لأدلة حفظ النفس، وآخرون يرون وجوب البقاء فيها والدفاع عنها تقديماً لأدلة حفظ بيضة الأسلام وكان على هذا الرأي الأخير ثلة من كبار العلماء منهم الشيخ جعفر الكبير، والشيخ حسين نجف، والشيخ خضر شلال، والشيخ مهدي ملا كتاب، والسيد محمد جواد العاملي وغيرهم، إلا أن الحق يستدعينا القول أن مساعي الشيخ جعفر لا يكابلها مسعى سواه، ولعل من المناسب أن نتعرف بشي‌ء من الأيجاز والأختصار على تلك الجهود.

1-- تبادل الشيخ مع أمير الدرعية الرسائل التي حاول فيها مد جسور التفاهم والثقة والصداقة بين الطرفين وكان لا يفتأ مخاطبته بكلمة" يا أخي" ونحوها حتى ساء فهمها البعض وظنوا فيها الظنون، ناسين محاولات الشيخ كسب الوقت لصالح تحصين المدينة وتوفير فرص الدفاع عنها، والإطلاع على كتاب (منهج الرشاد) الذي بعثه الشيخ جعفر إلى أمير الدرعية يغنينا عن كل تفصيل.

2-- أرسل لهم الهدايا الثمينة ليكف أكف الغزاة ويدفع غوائلهم.

3-- حفر الشيخ في بيته" سرداباً" ينزل في الأرض أربعين درجة لحماية العوائل وتأمين مؤنها ولا يزال هذا السرداب قائماً حتى الآن ويسمى" سرداب الوهابي‌".

4-- نقل خزائن الحضرة الحيدرية إلى بغداد.

5-- شراء الأسلحة، وتدريب المقاتلين عليها، وتشكيل قوة دفاعية من شباب النجف أخذت أسم (الزكرت) ورعايتها وتفقدها وتوفير المستلزمات لعوائلها.

6-- تحصين السور، وغلق الأبواب، وتوزيع المقاتلين والمرابطين بشكل يؤمن حماية المدينة.

7-- مكاتبة السيد محمود الرحباوي الذي كان الغزاة يتخذون من منطقته منطلقاً لشن الغارات على النجف ومطالبته بإخبار النجفيين عند قدوم الغزاة، ولكن السيد المذكور رفض التعاون مع النجفيين.

لقد صمدت مدينة النجف بوجه ذلك الغزو الجموح الذي تراوحت هجماته بين (5- 6) دفعات، وأن إرتفع بهذا الرقم بعض من أرخ لهذه الحوادث حتى بلغ بها أكثر من عشر هجمات. كانت فيها عوائل النجفيين عرضة للقتل والتنكيل والسلب والنهب‌