مهم‌ترين دلايل، دغدغه‌ها و عواملى كه باعث شد، نمايندگان مجلس چهارم با تصويب اين لايحه مخالفت كنند، به قرار زير است:

- ترديد و شبهه در مفهوم مرگ مغزى و احتساب آن بسان حيات نباتى.

- نگرانى در اجراى قانون و بروز پيامدها و عوارض نامطلوب در اثر تصويب اين لايحه؛ مثل نبود سيستم دقيق كنترلى و احتمال انجام خلاف شرع در اين زمينه.

- تشبيه اين قضيه با قتل ترحمى (اوتانازى) يا مثله كردن موجود زنده.

- بازگذاشتن دست بيمارستان‌ها و سوداگران براى سلاخى جنازه‌ها.

با توجه به اينكه عمل پيوند اعضا در موارد ضرورى در حال انجام است، ديگر نيازى به قانون در اين زمينه نمى‌باشد.

دلايل مخالفت با تصويب اين موضوع در مجلس ششم:

- عدم پذيرش مرگ مغزى، عدم جواز پيوند اعضا و الزام به پرداخت ديه از طرف برخى از مراجع.

- ابهام در تعريف مرگ مغزى و احتمال بازگشت برخى افراد مبتلا به مرگ مغزى، به زندگى مجدد.

- گسترده شدن تجارت، و خريد و فروش اعضاى بدن انسان.

مهم‌ترين دلايل موافقان تصويب قانون مرگ مغزى در دوره چهارم و ششم به اين شرح است:

- فتواى حضرت امام (رحمه الله) درباره موافقت مشروط ايشان با برداشت عضو از مردگان مغزى و نيز فتواى مقام معظم رهبرى (دامت توفيقاته) و موافقت ايشان با برداشت عضو در حالت اضطرار؛ همچنين استناد به فتواى مشروط آيت الله خويى در مورد جواز برداشت عضو براى علاج زندگان.

- وجود نيازهاى فراوان در جامعه، عدم پاسخگويى كافى به آن و فرض حالت ضرورت پيوند عضو دركشور.