لك منها:

1- عيون الحقائق الفاخرة في تتميم الحدائق الناضرة، طبعت أخيرا في جزءين و ألحقت بالأصل (الحدائق الناضرة) و قد تطفلت إنا أيضا و دوّنت مقدمة للحدائق أسميتها بالمقدمة الفاخرة لكتاب الحدائق الناضرة، تقع في أربعة أجزاء، أولها عن حياة المصنف و أسرته، و الثاني منها عن معالم مدرسته العلمية و نظرياته و آرائه، و الثالث دراسة عن الحقائق نفسه، و عن منهجيته و نسخه الخطية و ما إلى ذلك، و الرابع شرح للمقدمات الاثني عشر الموجودة في أول الكتاب.

2- سداد العباد و رشاد العبّاد، و هو الرسالة العملية المشهورة الآن، و توجد منه نسخة كاملة من الطهارة إلى الديات عثر عليها المحقّق البحّاثة آقا بزرگ الطهراني، و أشار إليها في كتابه الموسوم بالذريعة (ج 12 ص 153) بقوله: (رأيت في مكتبة السيد خليفة بخط الشيخ أحمد بن خلف بن عبد علي مجلده الأول في العبادات إلى آخر الحج، و الثاني من المتاجر إلى آخر الديات).

و المراد من مكتبة السيد خليفة مكتبة خليفة بن علي بن أحمد الأحسائي العائلية التي أسسها بتاريخ 1256 ه، و آل أمرها بعده إلى حفيده عبد اللّٰه خليفة المتوفّى سنة 1374 هالذي فرّط بها البيع بالحراج في النجف الأشرف قبل وفاته بثلاث سنوات، فتنافرت كتبها و تبعثرت و لا يوجد في أيدينا منها الآن إلّا أسماؤها، حيث تمكّن البحاثة آقا بزرگ من مراجعة نسخها و فحص مخطوطاتها و تسجيلها قبل البيع المذكور، و تسجيل ما عثر عليه منها في مواضع من كتاب الذريعة، ذكر ذلك ابنه علي المنزوي في فهارسه لكتاب الضياء اللامع في القرن التاسع عند ذكره للمكتبات المنقول عنها في الطبقات و الذريعة.

3- رسائل أهل الرسالة و دلائل أهل الدلالة في العبادات.

4- الجنّة الواقية في أحكام التقيّة.

5- رسالة في الحبوة.

6- رسالة الأشراف في المنع من بيع الأوقاف، و قد قمت بطباعتها قبل أربع سنوات تقريبا.

7- منظومة في الفقه.