أمّا الطابق الثاني فيتكوّن من رواق معقود يتقدّم مجموعة من غرف مقبيّة مخصّصة لطلبة العلم و المتصوّفين المنقطعين للعبادة، يبلغ عددها 19 غرفة في كلّ من الجهتين الشمالية و الجنوبية، و في الجهتين الشرقية و الغربية يبلغ عدد الغرف في كلّ منها 20 غرفة. و على ذلك يكون مجموع عدد الإيوانات التي توجد بالسور الخارجي و التي تطلّ على صحن المشهد 54 إيوانا بالدور الأول، و مجموع الغرف التي بالدور الثاني 78 غرفة.

كما يوجد في الصحن أربع إيوانات-ذات طابق واحد-كبيرة و شاهقة، ينعقد على كلّ واحد منها قوس من القاشاني مطوي بشكل إطار، و بجنب ذلك الإطار إطاران من القاشاني المكتوب بآي من القرآن الكريم، واحد منها يقع في الجهة الشمالية و هو مقطع من رواق عمران بن شاهين أمير قبائل خفاجة في العراق، و قد كتب عليه بالقاشاني قوله تعالى: إِنَّمََا يَعْمُرُ مَسََاجِدَ اَللََّهِ مَنْ آمَنَ بِاللََّهِ وَ اَلْيَوْمِ اَلْآخِرِ... [1] ، و في هذا الإيوان دفن آية اللّه السيّد محمد كاظم الطباطبائي المتوفى سنة 1337 هـ، و من مصادفة هذه الآية الشريفة فوقه قد يقال بأنّ الرّواق مسجد، كما سيأتي. و يقابله الإيوان الثاني من جانب الحرم، و هو أيضا مقتطع من رواق عمران بن شاهين حيث كان رواقه متّصلا بالقبّة الشريفة، و يسمّى هذا الإيوان"إيوان العلماء"، و سيأتي ذكر بعض من دفن فيه من جهابذة العلماء قريبا إن شاء اللّه تعالى. و الإيوان الثالث في الجهة الجنوبية، و قد دفن فيه العالم المجاهد السيّد محمد سعيد الحبوبي الحسيني المتوفى سنة 1333 هـ و أصبح معروفا به. و يقابله الإيوان الرابع من جانب الحرم أيضا، و يسمّى"إيوان ميزاب الذهب".

و للصحن خمسة أبواب: في ضلعه الشمالي يوجد باب الطوسي و رواق عمران بن شاهين، و في ضلعه الجنوبي باب القبلة، أمّا الضلع الشرقي من الصحن ففي وسطه

[1] سورة التوبة: الآية 18.