2-عمارة ملك طبرستان محمد بن زيد المعروف بالداعي الصغير، حوالي سنة 283 هـ.
و في سنة 317 هـ زاد أمير الموصل أبو الهيجاء الحمداني في عمارة زيد الداعي هذه.
3-في سنة 338 هـ بنى الزعيم الكوفي أبو علي عمر بن يحيى العلوي قبّة بيضاء على المشهد العلوي.
4-عمارة عضد الدولة البويهي سنة 366 هـ، و هي عمارة عظيمة كما وصفها الرحّالة ابن بطوطة حين وروده النجف سنة 726 هـ. و قد تمّ تعميرها سنة 760 هـ بعد الحريق سنة 753 هـ و سنة 755 هـ.
5-عمارة الشاه عباس الصفوي الأول. ابتدئ بها سنة 1033 هـ و دام العمل بها ثلاث سنين.
6-عمارة الشاه صفي عام 1042 هـ تمّ فيها توسعة الحرم المطهّر و تجديد القبّة.
و في سنة 1156 هـ تمّ تذهيب القبّة و الحرم المطهّر من قبل نادرشاه.
العمارة الحاضرة للمرقد المطهّر
العمارة الحاضرة للمرقد الشريف بديعة الصنع جميلة الشكل و المنظر فخمة البناء و التصميم يرجع تاريخ بنائها إلى العصر الصفوي، تتألف هذه العمارة من الصحن و الرواق و الروضة المطهّرة.
أوّلا: الصحن الشريف
نظرة تاريخية للصحن الشريف
لم يكن الصحن الشريف في القرن العاشر و ما قبله كما هو اليوم، بل كان الرّواق المحيط بالحضرة الشريفة هو الصحن، و فيه غرف لطلبة العلم. و كانت هناك ساحة كبيرة مربّعة الشكل أمام الرّواق-الموجود اليوم من جهة الشرق-تعرف في ذلك الوقت بـ"حوش الحضرة"، و كانت قبور العائلات المالكة للإيلخانيين في القرن السابع