و قد رأيت نسخة كاملة من هذا الكتاب في مكتبة الشيخ شير محمد الهمداني الجورقاني، و قد انتهى من نسخه في شوال 1370 هجرية عن نسخة وصفها بأنها جيدة عتيقة إلّا أوراقا من أوائلها.
و من نسخ الكتاب: نسخة مؤرخة سنة 852 في مكتبة طلعت بدار الكتب رقم 2068/ تاريخ، و هي في 124 ورقة، و مؤرخة 1128 في مكتبة فيض برقم 36 في 274 ورقة، و مؤرخة 1244 برقم 37 في 117 ورقة (كما في سزكين)، و مؤرخة 1256 في مكتبة كيخا، و مؤرخة 1332 في مكتبة قيوم، و مؤرخة 1266 و 1314 في مكتبة الوكيلي (كما في فهرس پونا) و مؤرخة 1232 في مكتبة المعهد الإسماعيلي بلندن برقم 543، و أيضا مؤرخة 1300 برقم 545، و أيضا مؤرخة 1348 برقم 544 (كما في فهرس المعهد) و عدّة نسخ غير مؤرخة في مكتبة السماوي بالنجف.
و نسخة مصورة في معهد المخطوطات العربية بالقاهرة برقم 11548 (كما في سزكين).
و النسخة التي اعتمدناها في التحقيق، نسخة مصورة من مكتبة السيّد الطباطبائي اليزدي رحمه اللّه، و هي نسخة جيدة و تقع في 372 صفحة، إلّا أن الصفحات الأربعة الأولى ساقطة، و أتممناها من نسخة السيّد المرعشي رحمه اللّه بمدينة قم في ايران، و جاء في آخر النسخة:
تم كتاب المناقب لأهل بيت رسول اللّه النجباء و المثالب لبني أمية اللعناء بعون اللّه الملك العلّام و مادة وليه في أرضه عليه السّلام في يوم الأحد في اليوم الحادي و العشرين من شهر صفر المظفر سنة 1348 ثمان و أربعين و ثلاثمائة من الألف من هجرة النبي المختار صلى اللّه عليه و على آله الأطهار ما أظلم الليل و أشرق النهار بخط أقل الأقلين محمد علي بن ملّا سلطان علي ...
أمّا النسخة الثانية، و هي الموجودة في خزانة مكتبة السيّد المرعشي بمدينة قم في ايران برقم 653، و هي مصورة عن نسخة في مكتبة أنستيتوي إسماعيليان/ لندن