فالدكتور هيكل معجب بكتاب إميل درمنجم و ما يحويه من آراء تقرب مسافة الخلاف بين الإسلام و النصرانية و من ذلك نراه يتابعه في مجموعة من الآراء تختلف مع مفهوم الإسلام الأصيل و إن كان هيكل قد رد على آراء المستشرقين في مسائل إلا أنه قد خضع لمناهج المستشرقين و لمفهومهم في الفلسفة المادية، بالنسبة للمعجزات، و بالنسبة للإسراء و المعراج و بالرغم من نوايا الدكتور هيكل الطيبة في تقديم صورة بارعة للرسول (صلّى اللّه عليه و سلم) فإن موقفه من إنكار المعجزات و الغيبيات و تجاهلها حتى و إن وردت في القرآن و السنة- على حد قوله- كان مأخذا كبيرا في تعليل قيمة العمل الذي قام به.

فقد أنكر عددا من المعجزات الثابتة بصريح القرآن و متواتر السنة، كنزول الملائكة في بدر، و طير الأبابيل، و شق الصدر، و الإسراء، و أنّ (اقرأ) كانت مناما و أول ذلك كله إرضاء للمنهج العلمي الغربي الذي أعلنه و أعلن التزامه به فاعتبر الإسراء سياحة الروح في عالم الرؤيا، و وصف الملائكة الذين أمد اللّه بهم المسلمين في غزوة بدر بالدعم المعنوي، و وصف طير الأبابيل بداء الجدري، و اعتبر شق الصدر شيئا معنويا، و اعتبر لقاء جبريل بالنبي في حراء مناما، و بذلك عمد إلى تفريغ تاريخ النبي من الحقائق الغيبية و المعجزات و قصر موقفه على أن للنبي معجزة واحدة هي القرآن الكريم مع أنّ الخوارق و المعجزات لا يمكن أن تتنافى في جوهرها مع حقائق العلم و موازينه و قد سميت خوارق لخرقها لما هو مألوف أمام الناس، و ما كان للمألوف أو العادة أن يكون مقياسا علميا لما هو ممكن و غير ممكن، و لما كان اللّه تبارك و تعالى هو صانع النواميس فإنه هو وحده القادر على خرقها متى شاء. يقول الشيخ محمد زهران:

و لقد علل الدكتور هيكل إنكاره جميع المعجزات المحمدية (غير القرآن) بأنها مخالفة للسنة الإلهية، و زعم أن روايات معجزاته (صلّى اللّه عليه و سلم) موضوعة، قصد واضعها إما أن يجعل لنبينا مثل ما لموسى و عيسى (عليهما السلام)، و إما أن يشكك الناس في صحة آية وَ لَنْ تَجِدَ لِسُنَّةِ اللَّهِ تَبْدِيلًا.

و لا شك أن دعوى استحالة خرق العادات المعبر عنه في كتابه بمخالفة السنن يستلزم التسليم بها إنكار الإسلام من أصله و تكذيب الأديان كلها و منها إنكار الأحاديث التي أطبق على قبوله أئمة الحديث و غيرهم مع تواترها و الإجماع على مضامينها.

موقف النبي- (صلّى اللّه عليه و سلم)- من وفاة ابنه إبراهيم:

كذلك فقد كانت الصورة التي رسمها الدكتور هيكل عن حزن الرسول (صلّى اللّه عليه و سلم) لوفاة ابنه إبراهيم مما لا يتفق مع جلال النبوة و عظمة الرسالة إذ صوره- (صلوات اللّه و سلامه عليه)- واضعا ولده في حجره و عيناه تذرفان الدموع مدرارا و لسانه ينطق بألفاظ يشيع منها الحزن و الأسى‌