إليها الطلّاب للافادة منها، و اشتهرت ببغداد مكتبتان عظيمتان؛ الأولى مكتبة سابور ابن أردشير الوزير البويهي التي تأسست عام 381 ه، أو عام 383 ه، و كانت ملتقى رجال الفكر و الأدب، و منتدى العلماء و الباحثين و المناظرين، يشدّون إليها الرحال، و الثانية مكتبة الشريف المرتضى، و قد كان بها ثمانون ألف مجلّد.

و قد تتلمذ الشيخ الطوسيّ في بغداد على الشيخ المفيد، الذي كان يومذاك شيخ متكلّمي الإماميّة و فقهائها، انتهت رياستهم إليه في وقته في العلم، مدّة خمس سنوات، و كان ممّا درسه الأصول و الكلام، و شرع في تأليف كتاب (تهذيب الأحكام) شرح فيه كتاب (المقنعة) لاستاذه الشيخ المفيد، و تتلمذ الشيخ الطوسيّ خلال تلك الفترة على الحسين بن عبيد اللّه الغضائري، المتوفّى عام 411 ه، و محمّد بن أحمد بن أبي الفوارس المتوفّى بعد سنة 411 ه، و غير هؤلاء من شيوخ عصره. و بعد وفاة الشيخ المفيد عام 413 ه، انتقلت زعامة الإماميّة إلى الشريف المرتضى (413- 436 ه) الذي كان من أبرز تلامذة الشيخ المفيد، و قد تلمذ الشيخ الطوسيّ للسيّد المرتضى، و ألّف كتاب (تلخيص الشافي) خلال تلمذته له، و هو كتاب حاول به تبسيط المسائل التي وردت في كتاب (الشافي) لاستاذه الشريف المرتضى، و ألّف الشيخ الطوسيّ في حياة استاذه الشريف المرتضى كتاب (الرجال) و (الفهرست)، و قد دامت مدّة تلمذة الشيخ الطوسيّ على الشريف المرتضى ثلاثة و عشرين عاما، كما تلمذ خلال هذه الفترة على شيوخ آخرين، منهم: هلال بن محمّد بن جعفر الحفّار، المتوفّى عام 414 ه، و محمّد بن محمّد بن محمّد بن مخلد، المتوفّى عام 419 ه، و أحمد بن عبدون المعروف بابن الحاشر المتوفّى عام 423 ه، و محمّد بن أحمد بن شاذان المتوفّى نحو سنة 425 ه.

و بعد وفاة السيّد المرتضى عام 436 ه، تفرّغ الشيخ الطوسيّ للتدريس و التعليم، و انشغل بالامور التي تخصّ الزعامة الدينية للامامية، و استمرّت زعامته في بغداد مدة اثنتي عشرة سنة (436- 448 ه) و كان يتمتّع بالمكانة التي كان يتمتّع بها استاذاه المفيد و المرتضى، فأصبح الطوسيّ شيخ الطائفة و عمدتها و الامام المعظّم‌