وقد استمرت أغلبية المساجد على هذا المنوال حتى مطلع القرن 4 هـ حيث كانت تتحول في غير أوقات الصلاة إلى مراكز لتدريس العلوم المتنوعة، بل إنّها حتى بعدما فصلت المراكز العلمية عن المساجد فيما بعد، بقيت المدارس تبنى بجانب المساجد، الاَمر الذي جسّد الصلة الوثيقة والارتباط الاَقوى بين العلم والدين.

وفي بناء المسجد اشترك النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) بنفسه في عملية البناء، ينقل الحجارة واللبن،ويردّد وهو يعمل: «لا عيش إلاّعيش الآخرة، اللّهم ارحم الاَنصار والمهاجرة». وكان «عمار بن ياسر» ممّن عمل بشدّة و قوّة مع الرسول (صلى الله عليه وآله وسلم) في البناء، إذ كان يحمل اللبن والاَحجار بدل النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) وبدل الآخرين، حتى شكا إليه «صلى الله عليه وآله وسلم» فعلهم وقال: يا رسول اللّه قتلوني يحملون عليّ ما لا يحملون. فقال له النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) : «ويح ابن سمية ليسوا بالذين يقتلونك، إنّما تقتلك الفئة الباغية».[1]

وبنى كذلك بجانب المسجد صُفَّة يسكن فيها الفقراء والمهاجرون المحرومون، وكلف «عبادة بن الصامت» بأن يعلّمهم الكتابة وقراءة القرآن.

ثمّ بعد ذلك بنيت منازله ومنازل أصحابه حول المسجد.

وفي هذه البيئة الجديدة، واجه النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) ثلاث مشكلات أو قضايا أساسية:

1. قريش و الوثنيين في شبه الجزيرة العربية.

2. اليهود في المدينة أو خارجها، مع توافر الاَموال لديهم.

3. الاختلاف بين المهاجرين والاَنصار، و بين الاَنصار أنفسهم ـ الاَوس