2. نقطه و علامت: مصحف‌هاى عثمانى به مقتضاى شيوه نگارشى كه در آن زمان ميان مردم عرب رايج بود، از هر نشانه و علامتى كه حروف نقطه‌دار و بى‌نقطه را مشخص كند خالى بود؛ لذا، بين «با»، «تا»، «يا» و «ثا» تفاوتى نبود، «ج» و «ح» و «خ» از يكديگر تشخيص داده نمى‌شدند و همچنين حركت و اعراب كلمات به‌وسيله فتحه، كسره، ضمه و تنوين نشان داده نمى‌شد و خواننده خود، مى‌بايست به هنگام قرائت، با توجه به قرائن، آنها را از يكديگر تميز مى‌داد و وزن و اعراب كلمه را شخصاً مى‌شناخت. به همين دليل، در ابتدا قرائت قرآن فقط به سماع و نقل موكول بود و جز از راه شنيدن، قرائت قرآن تقريباً غير ممكن بود.

در هر صورت، علّت اصلى پيدايش اختلاف قرائت در زمان‌هاى بعدى، خالى بودن مصحف‌ها از علايم و نشانه‌ها بود؛ زيرا مردم به شنيدن و حفظ كردن قرآن اتكا داشتند و در طول زمان، اشتباهاتى در نقل يا شنيدن آيه‌اى رخ مى‌داد.

به‌علاوه نفوذ و رخنه اقوام غير عرب در جزيرة العرب و افزايش جمعيت آنان با گسترش قلمرو اسلام، خود موجب اختلاف قرائت مى‌شد.

3. ناهنجارى نوشتارى: رسم‌الخط مصحف عثمانى، در مقايسه با رسم‌الخط عمومى و متداول، داراى غلطهاى املايى و تناقض‌هايى در نحوه نوشتن كلمات بود، به‌گونه‌اى كه اگر قرآن از طريق سماع و تواتر در قرائت ضبط نمى‌شد و مسلمانان اين روش را از پيشينيان خود به ارث نمى‌بردند و با دقت و توجه تمام به حفظ آن نمى‌كوشيدند، امروزه قرائت صحيح بسيارى از كلمات محال مى‌نمود. علت اين امر عدم آشنايى عرب به فنون خط و روش‌هاى كتابت آن زمان بوده‌است.