مشروعيت حاكميت را الهى و دينى فرض نماييم، پذيرش حاكميت دين چيزى جز التزام به نظارت نهاد دين بر قواى سه‌گانه نخواهد بود؛ به ديگر سخن، در نظام ولايى، قواى سه‌گانه و نهادهاى ديگر حكومت در مرحله اعمال ولايت قرار مى‌گيرند و در صورتى كه ولايت انتصابى پذيرفته شود لازمه غير قابل تفكيك آن، توقف مشروعيت همه قوا بر تنفيذ ولىّ فقيه خواهد بود.

از سوى ديگر، علت رويكرد حكومت‌هاى غير دينى غربى به نظام تفكيك قوا مبارزه با تمركز قدرت و معضل استبداد در حكومت‌هاست درحالى‌كه در نظام اسلامى علاوه بر ابزارهاى كنترل بيرونى بر كاركرد «ولىّ فقيه» اهرم‌هاى نظارتى درونى قوى نيز در نظر گرفته شده است كه احتمال فساد ناشى از قدرت را به حدّاقل كاهش مى‌دهد. در چنين نظامى اساسا فلسفه تفكيك قوا نه به جهت پيامدهاى ناگوار احتمالى سوء استفاده از قدرت، بلكه به هدف كارامدى هرچه بيشتر نظام صورت مى‌گيرد. در نظام اسلامى بر ولايت امر و امامت امت كه قدرتى فوق قواى سه‌گانه است نيز نظارت صورت مى‌گيرد و مقام عالى وى، رافع مسئوليت نخواهد بود.

به طور خلاصه مى‌توان گفت:

1. فرق ميان نظام تفكيك قوا در ايران كه وجود يك قوه برتر ناظر را به رسميت شناخته است با نظام تفكيك قوا در ساير كشورها فرع بر مسئله مشروعيت حاكميت است. درصورتى‌كه مشروعيت حاكميت را از آن ملت بدانيم، وجود قوه برتر در نظام تفكيك قوا توجيهى ندارد، اما اگر مشروعيت حاكميت را الهى و دينى و بر مبناى انتصاب دانستيم پذيرش چنين حاكميتى چيزى جز التزام به نظارت نهاد دين بر قواى سه‌گانه نخواهد بود.

2. ولايت فقيه همان ولايت فقه در مفهوم گسترده آن يعنى ولايت دين بر قواى سه‌گانه است.

3. فلسفه تفكيك قوا در نظام‌هاى سياسى دنيا، فرار از فساد و تمركز قدرت است‌