سرانجام اصرار شاه مؤثر افتاد و سيد، به رغم هشدار دوستش شيخ عبد القادر المغربى اين دعوت را پذيرفت و در پاسخ شيخ كه مى‌پرسيد «چگونه شاه تو را كه به تلاش در تقويت تسنن شهره‌اى، به اشغال چنين منصبى مى‌خواند»، گفت «اين صرفا ناشى از خيال و حماقت اوست.» امّا، باوجوداين سيد در معيت شاه به ايران رفته، مدتى در آنجا اقامت گزيد. پس از مدتى، با مشاهده تغييراتى ناخوشايند در رفتار شاه، سيد تقاضاى رخصت بازگشت به اروپا را داشت كه با حالتى غير دوستانه رد شد. در اين‌زمان وى در مقبره شاه عبد العظيم «بست» نشسته و مدت هفت ماه در آنجا ماند. اينك خصومت وى با شاه آشكار گشته بود: او را در خطابه‌ها و نوشتارهاى خود نكوهش كرده از خلع وى جانبدارى مى‌كرد و مريدانى گرد آورده بود كه دوازده تن از آنان از شمار نخبگان بودند. از اين نخبگان يكى شيخ على قزوينى، از قضات بزرگ عدليه در زمان نخستين مجلس ملّى ايران و در زمره اسيران باغشاه بود كه مغضوب شده سابق [، محمد على شاه،] بودند؛ ديگرى ميرزا آقا خان [بردسيرى‌] بود كه بعدها به معاونت سردبيرى جريده فارسى «اختر» در قسطنطنيه رسيد و سرانجام، در 17 ژوئيه 1896، به همراه شيخ احمد كرمانى مخفيانه در تبريز به قتل رسيد؛ همچنين ميرزا رضا كرمانى كه در اوّل مه 1896 ناصر الدين شاه را به ضرب گلوله به قتل رساند و در 12 اوت همان سال در تهران به دار آويخته شد؛ و ميرزا محمد على خان تهرانى كه اثرى ضد مذهب به نام «رد مذاهب» تأليف نمود.

سرانجام شاه تصميم به اخراج وى از كشور گرفته و با اقدامى به غايت خشونت‌آميز نسبت به مكان مقدسى كه سيد در آن «بست» نشسته بود، عده‌اى پانصد نفرى سوار به دستگيرى او اعزام داشت، در حاليكه اين‌زمان سيد اسير بستر بيمارى گشته بود. سيد را از «بست» خارج، و تا مرز تركيه تحت الحفظ بردند. اين اقدام موجب خشم دوستداران سيد و نيز- چنانكه در فصلى از فصول آتى خواهد آمد- سبب عمده ترور ناصر الدين شاه در 1896 گرديد.

من از تاريخ اخراج سيد جمال الدين از ايران آگاه نيستم، امّا اين واقعه بايد در حدود اواخر 1890 يا اوايل 1891 صورت پذيرفته باشد. در پائيز 1891 سيد در لندن بود و من به دعوت پرنس ملكم خان فقيد، كه تا پيش از مجادله سياسى با شاه در 1881 وزيرمختار ايران بود، در خانه‌اى در هلند پارك(Holland Park) با وى ملاقات كردم. برداشت و احساس شخصى من در مورد سيد در فصل مربوط به ماجراى «امتياز تنباكو» خواهد آمد. سيد طى اقامت در لندن در بسيارى از مجالس سخنرانى كرده و مقالاتى چند در باب «حكومت وحشت» در ايران به رشته تحرير درآورد و در آنها شخصيت و حتى سلامت عقل شاه را با خشونت بسيار مورد پرسش قرار داد.