در پايتخت عثمانى مواجه گشت. شش ماه پس از ورودش به اين شهر به عضويت «انجمن دانش»، يا «آكادمى تركيه» انتخاب، و در رمضان 1287 ه.- نوامبر- سپتامبر 1870 م.- از سوى حسن افندى، رئيس «دار الفنون»- دانشگاه- جهت سخنرانى براى دانشجويان از وى دعوت شد. سيد نخست به بهانه عدم آشنايى كافى با زبان تركى از پذيرش دعوت عذر خواست، امّا سرانجام به اين امر رضا داد. متن سخنرانى خود را به زبان تركى نوشته آن را به صفوت پاشا، وزير آموزش عمومى، و شيروانى‌زاده، وزير پليس، و منيف پاشا تسليم كرد كه مورد تصويب و تأييد همگى آنان قرار گرفت.

بدبختانه، شيخ الاسلام حسن افندى به سيد رشك ورزيده در پى از بين بردن نفوذ وى بود و بدين‌لحاظ در طول سخنرانى سيد در برابر نخبگان و بزرگان، كه تعداد كثيرى از دولتمردان و روزنامه‌نگاران تركيه را شامل بود، به دقت مترصد بود نكته‌اى يافته و بر آن اساس ارتدوكس بودن سخنران را مورد اعتراض قرار دهد. سيد در اين سخنرانى اركان سياست را با كالبد زنده مقايسه كرده و اعضاى كالبد را به مشاغل و مناصب گوناگون- فى المثل شاه را به مغز، آهنگران را به بازو، كشاورزان را به كبد و ملاحان را به پا- تشبيه نمود. سپس گفت: «بدين ترتيب كالبد جامعه بشرى ساخته مى‌شود.

ليكن، يك كالبد نمى‌تواند بدون روح زندگى كند و روح اين كالبد يا نبوت است يا تعاليم فلسفى؛ گرچه ايندو از هم متمايزند، چراكه نبوت موهبتى الهى و غيرقابل‌اكتساب است كه خداوند به لطف خويش به پاره‌اى بندگان ارزانى مى‌دارد، حال آنكه تعاليم فلسفى به مدد تفكر و مطالعه به دست مى‌آيد. ايندو را همچنين مى‌توان از يك نقطه‌نظر ديگر نيز متمايز دانست كه پيامبر معصوم است و برى از خطا، و فيلسوف در مظان اشتباه محتمل ...»

شيخ الاسلام حسن فهمى افندى اين سخنان را مستمسك قرار داده سيد را متهم ساخت كه مقام نبوت را به مثابه يك «هنر» يا «پيشه» و پيامبر را يك «هنرمند» يا «پيشه‌ور» توصيف مى‌كند. اين مسئله به منابر و مطبوعات كشيده شد و از هر دو سوى با شور و حرارت مورد بحث قرار گرفت. سيد در دفاع از خود و ممانعت از اوجگيرى اغتشاش مصر بود تا سرآخر حكومت ترك، محض حفظ صلح و آرامش، به وى فرمان داد كه براى مدتى قسطنطنيه را ترك گويد. سيد مجددا به مصر رجعت، و در 22 مارس 1871 به آن سرزمين وارد شد.

سيد نخست قصد داشت تنها مدتى كوتاه در مصر اقامت كند. امّا، با رياض پاشا برخورد كرده و نامبرده، كه سخت تحت تأثير توانايى‌هاى سيد قرار گرفته بود، شهريه‌اى دولتى، معادل يك هزار پياستر، «نه جهت خدمتى خاص كه محض اداى احترام به مسافرى نام‌آور»، در حق وى برقرار نمود.