- نهى در عبادت (پايان تأليف 1276 ه. ق)

- بناى عام برخاص تا آخر شهرت (تاريخ نگارش 1277 ه. ق)

- در قطع و ظن (تاريخ تأليف 1278 ه. ق)

- در اصل برائت (تاريخ تأليف 1280 ه. ق)

- در استصحاب (پايان تأليف 1281 ه. ق)

- در تعادل و تراجيح، و اجتهاد و تقليد (پايان تأليف 1282 ه. ق)[1]

اين كتاب به وسيله فرزند گرامى مؤلف، آيت اللّه شيخ عبد اللّه مامقانى، در 2 جلد تلخيص و به مطارح الافهام فى مبانى الاحكام ناميده شد.

2. اصالة البرائة[2]

ج. رجال‌

تقريرات درس آيت اللّه ملاعلى خليلى تهرانى، تنها اثر رجالى وى است.[3]

د. اخلاق‌

كتاب مواعظ كه نزديك به 20 هزار سطر بوده است، از ديگر اثرهاى علمى ايشان است.

همچنين، آن مرد بزرگ به استنساخ و نوشتن 40 رسالة فقهى و اصولى از تأليفات فقهاى بزرگ، همچون كاشف الغطاء، شهيد اول و شيخ انصارى همت گماشت، كه نام آنها در مخزن المعانى آمده است.

[1]. معلم، حبيب آبادى، مكارم الآثار، ج 4، ص 1057؛ تهرانى الذريعة، ج 3، ص 120؛ مامقانى، مخزن المعانى، ص 244.

[2]. امين، اعيان الشيعة، ج 5، ص 151؛ تهرانى، الذريعة، ج 2، ص 114.

[3]. تهرانى، مصفى المقال، ص 139.