استاد بزرگوار آيت اللّه سيد موسى شبيرى زنجانى از مرحوم آقا سيد فخر الدين جزائرى و او از مرحوم آيت اللّه شيخ مرتضى آشتيانى نقل مى‌نمايد:

در اواخر سال 1302 ه. ق، آيت اللّه شيخ جعفر شوشترى از نجف به قصد زيارت مرقد مطهر حضرت رضا عليه السّلام، به ايران حركت نمود، و در تهران بر مرحوم حاج ملاعلى كنى وارد شد.

رجال پايتخت، از كوچك و بزرگ، عالى و دانى، همه به ديدار ايشان شتافتند. اما پدرم، آيت اللّه ميرزا محمّد حسن آشتيانى، سخت مريض و در بستر بيمارى خفته بود و مرا به نمايندگى خويش به ديدن علامه شوشترى فرستاد در منزل حاجى منظره‌اى ديدم كه بهتم زد. من كه خيال مى‌كردم اكنون حاج شيخ جعفر به عنوان ميهمان بر بالاى مجلس و بر روى مسند نشسته و حاجى هم دم در اتاق- به عنوان ميزبان- نشسته است، مشاهده كردم كه حاجى در بالاى اتاق در حالى كه آستينهايش را بالا زده بود و شب كلاهى بر سر داشت، بر روى تشك نشسته و به نوشتن پاسخ استفتائات مشغول است، و حاج شيخ جعفر هم در حريمى دورتر از حاجى در حالى كه عبا بر دوش و دستهايش را هم از عبا بيرون آورده و با ادب نشسته بود، مرحوم حاجى را نظاره مى‌كرد.

من از ديدن اين منظره، ابهت و عظمت مقام حاجى برايم روشنتر شد.

همچنين در داستانى به قرار ذيل، شكوه و منزلت مرحوم حاجى در نزد بزرگان مراجع شيعه، اين‌گونه آمده است:

«زمانى دختر ناصر الدين شاه به عتبات عاليات رفت. در نجف اشرف براى ديدار مرحوم شيخ الطائفه شيخ مرتضى انصارى (ره) به منزل ايشان مشرف شد. آثار زهد عيسوى و علائم ورع يحيوى در ساحت شيخ يافت. در اتاق شيخ يك حصير نصف اتاق را پوشانيده و در گوشه آن كمى سرگين- در عوض ذغال- در منقل مشتعل بود، و يك سفره حصيرى «خوص» به ديوار آويزان بود. و يك پيه‌سوز سفالى در كنار منقل گلى‌