رشد و نموّ کرد و مانند یک بیماری، بخشی از محافل علمی را فرا گرفت. علاوه بر این، «انگزیسیون» (محکمه تفتیش عقاید) و سختگیریهای مقامات کلیسا، در پیدایش این بدبینی، بلکه در رشد و نموّ آن کاملا دخالت داشت، زیرا کلیسا با زجر و شکنجه، دانشمندان وقت را که به کشف قوانین علمی موفق میشدند، به بهانه مخالفت با کتاب مقدس نابود میکرد. ناگفته پیدا است که یک چنین فشاری نمیتواند بدون عکس العمل باشد و از همان روز پیشبینی میشد که اگر دانشمندان، روزی قدرتی پیدا کنند؛ فاتحه دین و دیانت را بر اثر سوء تدبیر کلیسا خواهند خواند. اتفاقا کار نیز به همین صورت درآمد، هر چه علم پیشرفت میکرد و دانشمندان به روابط موجودات طبیعی بیشتر پی میبردند و بر علل طبیعی بسیاری از حوادث طبیعی و علل بیماریها دست مییافتند؛ به همان اندازه به مسائل ما وراء الطبیعه: مبدأ و معاد، معجزه و کارهای خارق العاده پیامبران، کمتر توجه نموده و روز به روز تعداد شکاکان و منکران افزوده میشد. نخوت و غرور علمی که دامنگیر دانشمندان شده بود، سبب شد که بعضی از دانشمندان طبیعی، به تمام مسائل دینی با نظر حقارت و کوچکی بنگرند، و دیگر حاضر نشوند که نامی از معجزههای انجیل و تورات ببرند و سرگذشت عصای موسی و ید بیضای او را افسانه تلقی کنند و دم مسیحایی را که مردگان را به اذن خدا زنده میکرد، افسانهای بیش نیندیشند و با خود فکر کنند: آیا میشود بدون علت طبیعی، یک قطعه چوب به صورت اژدها درآید و با یک دعا مردهای زنده شود. دانشمندان که سرمست پیروزیهای علمی خود بودند؛ چنین فکر میکردند که کلید تمام علوم را به دست آوردهاند و روابط تمام موجودات و حوادث را فهمیدهاند. از این جهت تصور کردند که کوچکترین رابطهای میان یک تکه چوب خشک و مار و یا بین دعا و توجه یک بشر و زنده شدن مردگان وجود ندارد، از این لحاظ این مسائل را با شک و تردید و گاهی با انکار تلقی میکردند.