مراحلي که تاکنون ذکر شد، همه در موارد متعارف امر به معروف و نهي از منکر است؛ اما مراتب ديگري از امر به معروف و نهي از منکر در روايات ذکر شده که بعضي از مراتب جهاد را نيز دربر ميگيرد. بر اساس روايت امام باقر(عليه السلام)، پس از امر به معروف و نهي از منکر، يکي از اين دو حالت پيش ميآيد: فرد گناهکار بعد از امر به معروف و نهي از منکر تحت تأثير قرار ميگيرد و از گناه و کارهاي ناشايست دست برميدارد، که در اين صورت تکليف انجام گرفته، بايد با مهرباني و عطوفت با او رفتار کرد؛ اما اگر آنان از کارهاي ناشايست خود دست برنداشتند، در اينجا بايد با آنان مبارزه کرد. در اين صورت، وظيفه از سخن گفتن و ملامت و حتي تندي کردن فراتر ميرود. چنين افرادي دشمن اسلاماند و با چنين افرادي که گستاخانه و بهطور علني، احکام اسلام را انکار، و به مقدسات اسلام اهانت ميکنند، بايد مبارزه کرد و با آنان دشمني ورزيد. در اين مقام نبايد بُعد محبت و رأفت دين را در نظر گرفت؛ زيرا رأفت اسلام شامل اين افراد نميشود.
در کتابهاي فقهي جهاد بر سه قسم تقسيم شده است: جهاد ابتدايي؛ جهاد دفاعي؛ و جهاد با اهل بغي. قسم اول، يعني جهاد ابتدايي، به دستور امام و براي کنار زدن موانع هدايت از سر راه ولي خدا انجام ميشود تا حکومت اسلامي بتواند اسلام را در پهنه جهان گسترش دهد و معارف الهي را به همگان عرضه کند، و بهاينترتيب، راه هدايت باز گردد. ازاينروي خداوند ميفرمايد: فَقاتِلُوا أَئِمَّه الْکفْرِ؛[1] «با پيشوايان کفر پيکار