قايتباي زيادة أدخل فيها من الجانب الغربي عام 893 هجري، و احتفر خارج البناء بئرا بدرج إلى الماء. و ذلك على يد شيخ الخدام بالحرم النبوي شاهين الشجاعي، ثم إنه جاء سيل عظيم و خرب أحد جدران المسجد، و كاد يكشف القبر، فنقل جسم سيد الشهداء-رضي الله عنه- و ابن أخته عبد الله بن جحش إلى الموضع الحالي و ذلك بعد 46 عاما من غزوة أحد؛ أي: في عهد مروان بن الحكم أمير المدينة المنورة في عهد معاوية بن أبي سفيان و دفنهما، و لا تزال آثار هذا المسجد و آثار القبة باقية حتى الآن ملاصقة بمنزل عائد للسيد السقاف.

اسكن مسجد سيدنا حمزة سيد الشهداء بعد نقله قديما

و قد بنت الدولة العثمانية مسجدا جميلا على الموضع الحالي للقبر، غير أن ما أشيع في ذلك الوقت من تمسح بعض الناس بالقبر و تقديم الضحايا و النذور و خلافه حمل المسؤولين على هدم المسجد