كما ذكر الشيخ جعفر محبوبة خازنين آخرين هما محمد جعفر الكيشوان و محمد حسين كتابدار بن محمد علي الخادم، و هما في أوائل العهد الصفوي. [1]
و كان الملاّ محمود بن الملاّ عبد المطلب سادن الحرم الشريف المتوفى سنة 1230 هـ، يشرف على هذه المكتبة و يعنى بها، و قد اجتمع به السيّد عبد اللطيف بن السيّد أبي طالب الجزائري التستري صاحب كتاب"تحفة العالم"عند زيارته للنجف، و أطلعه على ما في الخزانة من آثار مهمّة استفاد منها كثيرا، كما ذكر ذلك التستري في كتابه المذكور، و قال عنها: إنّه لم ير مثلها في العالم!. [2]
و في سنة 755 هـ وقع حريق في المشهد العلوي و احترقت كتب منها.
قال ابن عنبة: و قد كان بالمشهد الشريف الغروى مصحف في ثلاث مجلّدات بخط أمير المؤمنين علي عليه السّلام احترق حين احترق المشهد سنة خمس و خمسين و سبعمئة. [3]
و قد أحصيت كتب هذه الخزانة مؤخرا و وقع الفراغ من جردها و تسجيلها يوم الثلاثاء 6 رجب سنة 1390 هـ-6 أيلول سنة 1970 م على يد العلاّمة المحقّق السيّد أحمد الحسيني، بإشراف قائمقام قضاء النجف الأشرف السيّد عبد الرزاق الحبّوبي الحسيني، و القاضي سماحة الشيخ حسن الشميساوي، فكان مجموع الموجود فيها من الكتب بالتاريخ المذكور هو 752 كتابا، منها الكتب المخطوطة، و الكتب المطبوعة القديمة و عددها 600 كتابا. [4]