وبَعد ست سنوات تولى الظاهر بيبرس أمر البناء ، ورجع المسجد كما كان قَبل الحريق .

وفي سنة 886 ﻫ انقضّت صاعقة على المسجد فهدمته ، ولَم تبقِ منه سوى الحجرة النبوية وقبة بصحن المسجد .

فأعاد بناءه الملك الأشرف على صورة أحسن ممّا كان عليه قَبل الحريق .

وفي القرن العاشر الهجري رممه السلطان سليم العثماني ، وشيد فيه محراباً لا يزال قائماً إلى اليوم ، ويقع غربي المنبر النبوي .

وفي القرن الثالث الهجري بنى فيه السلطان محمود العثماني القبة الخضراء . وفي أواخر هذا القرن احتاج المسجد إلى العمارة ، فأمر السلطان العثماني بذلك ، وكان المهندسون يهدمون جزءاً مِن المسجد ويقيمون ما يحلّ محله ، ثمّ يهدمون بعده جزءاً آخر ويقيمون مكانه ، حتى تمّت عمارته سنة 1277 ﻫ .

وصلِّ اللهم على محمد وأهله الطاهرين ، وعرِّف بيننا وبينهم ، وارزقنا شفاعتهم يوم نلقاك ، يا مبدل السيئات بأضعافها مِن الحسنات... إنّك ذو الفضل العظيم .