إنّ منهجية المرجع المدرسي في الفقه والأصول والثقافة، والتي تجلَّت في المنطلقات الثلاثة (العقل والوحي والزمن) ميّزت آراءه بالسمات التالية:
1- استنطاق الكتاب
إستنطاق آيات الكتاب والتدبر العميق فيها، ورد متشابهها إلى محكمها، وتفسير بعضها ببعض، ومداومة التفكر في دلالاتها، واستيعاب الحِكَم التي تفيض منها، لاستجلاء العقل بها وتزكية النفس وتنمية المعرفة.
وهذه الميزة في فكر المرجع المدرسي تظهر في تفسيره للكتاب العزيز (من هدى القرآن)، وفي موسوعته الفقهية (الوجيز في الفقه الإسلامي) التي تضمنت فتاواه لعامة الناس، وفي موسوعته الأصولية- الفقهية المفصّلة (التشريع الإسلامي) التي احتوت على آرائه الفقهية الأصولية للعلماء والباحثين، حيث تجده يسرد المزيد من الآيات والروايات التي تدل بنسبة أو بأخرى على الحِكَم والقيم التي تُستنبَط منها الأحكام حتى تكتمل المعرفة لمن أراد فقه الدين. ودليله في هذا السرد العقل، الذي يتَّقد بنار الوحي، ويتبلور بنوره، فتزداد النفس يقيناً وسكينة بالحكم الشرعي.