تُوُفِّيَ المأمون العباسي ودُفِنَ في ضاحية طرسوس، فأخذ المعتصم أزمّة الحكم، وراح يُثبت حكمه بكل قدر مستطاع، ففكر في أن الإمام الجواد وهو صهر الخليفة الراحل وسيد الشيعة وهم قوة جبارة في الأمة، قد يُشكِّل خطراً ما على الدولة فأشخصه من المدينة إلى بغداد، لا لشيء إلَّا لكي يكون الإمام تحت مراقبته الشخصية، ونزح الإمام للمرة الثانية إلى بغداد، وبقي فيها مبتعداً عن البلاط الملكي مشتغلًا بالشؤون العامة، وذلك في الفترة ما بين (28 محرم الحرام سنة 220 ه و 29 ذي القعدة الحرام من السنة نفسها) حيث وافته المنية بسم دُسَّ إليه من قبل السلطة بإشارة من الخليفة المعتصم بالله، وقصة ذلك حسبما رواها المؤلف القدير العياشي عن خادم ابن أبي داود وصاحب سره الذي كان يُسمى (ونان)، وابن أبي داود هذا كان قاضياً شهيراً في بغداد، قال:

«رَجَعَ ابْنُ أَبِي دُوَادٍ ذَاتَ يَوْمٍ مِنْ عِنْدِ المُعْتَصِمِ وَهُوَ مُغْتَمٌّ، فَقُلْتُ لَهُ: وَلِمَ ذَاكَ؟ قَالَ: لِمَا كَانَ مِنْ هَذَا الْأَسْوَدِ (أي أبي جعفر الجواد عليه السلام) بَيْنَ يَدَيْ أَمِيرِ المُؤْمِنِينَ، قَالَ: قُلْتُ لَهُ: وَكَيْفَ كَانَ ذَلِكَ؟ قَالَ: إِنَّ سَارِقاً أَقَرَّ عَلَى نَفْسِهِ بِالسَّرِقَةِ وَسَأَلَ الْخَلِيفَةَ تَطْهِيرَهُ بِإِقَامَةِ الْحَدِّ عَلَيْهِ، فَجَمَعَ لِذَلِكَ الْفُقَهَاءَ فِي مَجْلِسِهِ وَقَدْ أَحْضَرَ مُحَمَّدَ بْنَ عَلِيٍّ، فَسَأَلَنَا عَنِ الْقَطْعِ فِي أَيِّ مَوْضِعٍ يَجِبُ أَنْ يُقْطَعَ؟ قَالَ: فَقُلْتُ مِنَ الْكُرْسُوع (أي المفصل بين الكف والذراع)، قَالَ: قُلْتُ: لِأَنَّ الْيَدَ هِيَ الْأَصَابِعُ وَالْكَفُّ إِلَى الْكُرْسُوعِ لِقَوْلِ اللهِ فِي التَّيَمُّمِ

فَتَيَمَّمُوا صَعِيداً طَيِّباً فَامْسَحُوا بِوُجُوهِكُمْ وَأَيْدِيكُمْ مِنْهُ [1].

وَاتَّفَقَ مَعِي عَلَى ذَلِكَ قَوْمٌ، وَقَالَ آخَرُونَ: بَلْ يَجِبُ الْقَطْعُ مِنَ الْمِرْفَقِ،