في الأخلاق: ديباجة الأخلاق الناصريّة، خاتمة الأخلاق الناصريّة، أوصاف الأشراف، ترجمة الأخلاق الناصريّة.

في التفسير: تفسير سورة الإخلاص و المعوّذتين، تفسير سورة العصر.

في التاريخ: واقعة بغداد.

في الفقه: جواهر الفرائض، و يطلق عليه «الفرائض النصيريّة».

في الفلك: الصبح الكاذب، التذكرة و هو في علم الفلك.

في الطبّ: تعليقة على قانون ابن سينا.

في التربية و التعليم: آداب المتعلّمين.

في المنطق: أساس الاقتباس، تجريد المنطق.

في الفلسفة و الحكمة: شرح الإشارات، رسالة في العلم الاكتسابيّ، الرسالة النصيريّة، رسالة في إثبات الجوهر المفارق، إثبات العقل الفعّال، بقاء النفس بعد دثور البدن.

في علم الكلام: تجريد العقائد، الفصول النصيريّة، تلخيص المحصّل، مصارع المصارع، رسالة في الجبر و الاختيار، رسالة السير و السلوك، معرفة النفس، رسالة في العصمة، رسالة في أصول الدين، رسالة في الإمامة.

وفاته:

توفّي المحقّق الطوسيّ في آخر نهار يوم الغدير سنة اثنتين و سبعين و ستّمائة (672)، و كانت مدّة عمره خمسا و سبعين سنة و سبعة أشهر و سبعة أيّام، و دفن في مشهد مولانا الكاظم عليه السّلام.

قال المحدّث النوريّ: من الاتّفاقات الحسنة أنّهم لمّا احتفروا الأرض لدفنه فيها وجدوا قبرا مرتّبا مصنوعا لأجل دفن الناصر العبّاسيّ، و لم يوفّق الناصر للدفن فيه، و دفنوه في الرّصافة،