پناهگاهى براى حفظ جان خويش يافت و به آن‌جا پناهنده شد.[1] قلعه‌هايى كه به تنهايى در مقابل چنگيز خان مقاومت كردند و همين امر موجب شد كه تا گرفتن انتقام از آنان توسط هلاكو خان، نوه چنگيز، همواره آتش كينه مغولها عليه اسماعيليان بر افروخته باشد. البته خواجه نصير الدين طوسى تنها كسى نبود كه به قلاع اسماعيليه پناهنده شد، بلكه بسيارى از كسانى كه توانستند جان سالم از دست مغولها بدر برند، به اين قلاع پناهنده شدند.

وقتى كه مغولها در دومين حمله خود به پيش رفتند و هلاكو خان سيره و روش جدش، چنگيز خان، را تكرار نمود، اين‌بار شدت حمله به حدى كوبنده بود كه هاله‌اى از ترس و وحشت قلاع اسماعيليه را در بر گرفت و تاب و توانشان را براى مقابله از دستشان ربود و امير اسماعيلى، ركن الدين خور شاه، تسليم مغولها شد و آنها هم بى‌درنگ حكم قتل او و يارانش و پناهندگان به آنها را به اجرا در آوردند. از ميان پناهندگان به قلاع اسماعيليه تنها سه شخصيت كه شهرت علمى آنها به هلاكو خان رسيده بود استثنا شدند و هلاكو خان دستور داد آنها را

[1]دكتر على اكبر فياض در كتاب «محاضرات عن الادب الفارسى و المدنية الاسلامية». مى‌نويسد: «در اين دوره، نهضت اسماعيليه در اوج فعاليت خود بود. اسماعيليان در اين دوره مشاركت تامى در تحقيقات فلسفى داشتند و از اين تحقيقات براى اثبات اصول عقايد و ادعاهايشان استفاده مى‌كردند.

آنان در قلعه الموت واقع در كوههاى قزوين، كتابخانه‌اى تأسيس كردند كه به دست مغولان از بين رفت. در آن دوره مردى در پناه آنان زندگى مى‌كرد كه پس از ابو على سينا بزرگ‌ترين شخصيتى است كه به علوم عقلى اشتغال داشته است، و آن مرد، خواجه نصير الدين طوسى است كه قسمتش اين بود كه ميراث اسلامى را از دست مغولها نجات دهد».

تا آن‌جا كه مى‌نويسد:

«هلاكو خان امر اوقاف شهرها را به او سپرد و او هم به ضبط آنها و مصرفشان در جهت تأسيس مدارس و مؤسسات علمى اقدام نمود. او دانشمندان و حكما را گرد آورد و به كمك آنها رصدخانه بزرگى در مراغه آذربايجان تأسيس نمود و در كنار آن كتابخانه‌اى ساخت مشتمل بر چهار صد هزار كتاب».