أما لماذا بايع أمير المؤمنين في نهاية الامر ; فلانه نظر إلى مصلحة الاسلام العليا فقدمها على حقه خوفاً من ذهاب الاسلام كله بحدوث فتنة لا تبقي ولا تذر ، ففضل التضحية بشطر الامر بدلاً من التضحية بكله ، وقد بين سيدنا الامام شرف الدين (قدس سره) الامر بشكل جلي حيث قال :

السلف الصالح لم يتسنَّ له أن يقهرهم يومئذ على التعبد بالنص فرقاً من انقلابهم إذا قاومهم وخشية من سوء عواقب الاختلاف في تلك الحال ، وقد ظهر النفاق بموت رسول الله (صلى الله عليه وآله وسلم) وقويت بفقده شوكة المنافقين وعتت نفوس الكافرين وتضعضعت أركان الدين ، وانخلعت قلوب المسلمين وأصبحوا بعده كالغنم المطيرة في الليلة الشاتية بين ذئاب عادية ووحوش ضارية ، وارتدت طوائف من العرب ، وهمت بالردة أُخرى... فأشفق علي (عليه السلام) في ذلك الظرف أن يظهر إرادة القيام بأمر الناس مخافة البائقة وفساد العاجلة ،