ظهور نظريه ى داروين و ارتباط آن با خدا شناسى، چنان سر و صدايى در اروپا به وجود آورد كه مخالفان و موافقان، در مقابل هم جبهه گرفتند. عده اى با ابطال و انكار تئورى داروين، به دفاع از حريم خدا شناسى پرداختند و دسته اى ديگر، مطلقاً به نفى برهان نظم دست زده و از آن نتيجه ى ملحدانه اى گرفتند و يك دسته نيز به گونه اى زيركانه، به جمع هر دو نظريه پرداختند; براى نمونه، برخى از همكاران نزديك داروين، مانند چارلز لاين و هرشل، به هيچ وجه فرضيه ى داروين و انتخاب طبيعىِ وى را مغاير مذهب و حكمت الهى نمى دانستند.

بيش تر انديشمندان اسلامى نيز بر اين باورند كه هرگز داروينيسم با حكمت صنع و مدبرانه بودن آفرينش تعارضى ندارد و اين فرضيه توان اين را ندارد كه ثابت كند حركت ماده، خود كفا بوده و نيازى به عامل خارجى ندارد; زيرا قانون مندى ماده، نشانه ى حكمت صنع است و پيدايش انواع جديد، در جماد و گياه و جان دار نيز نشانه ى حكمت صنع و دخالت دست غيبى در پديده هاست.

عقيده ى تحوّل انواع، به هر صورتى كه باشد، همانند عقيده ى ثبات انواع، با اصل توحيد و خدا شناسى مخالفتى ندارد و هر دو به طور يك سان، وجود يك نظام عميق و اسرارآميز را در جهان هستى اثبات مى كنند و اين نظام، بهترين نشانه ى وجود خداست. چه نظمى بالاتر از اين كه پروردگار از يك موجود تك سلولىِ ساده، اين همه موجودات عجيب و شگفت انگيز گوناگون را ايجاد كند.[55]

استاد شهيد مرتضى مطهرى آورده اند كه اگر اصول لامارك و داروين براى پيدايش نظم طبيعت كافى باشد، در اين صورت برهان نظم براى اثبات خدا از بين مى رود; ولى اصول آن دو انديشمند، توجيه كننده ى طبيعت نيست. پيدايش تدريجى و تغييرات تصادفى ساختمان اندام هاى گياهان و حيوانات، براى توجيه نظم دقيق آن ها كافى نيست. هر كدام از جهازها (هاضمه، تنفس، باصره، سامعه و...) يك تشكل حيرت انگيز دارند و مجموعاً يك كار و هدف را دنبال مى كنند.

با وجود اين، قابل قبول نيست كه تغيير تصادفى ـ ولو به صورت تدريجى ـ آن ها را به وجود آورده باشد. اصل تكامل، بيش از پيش، دخالت قوه اى مدبر وهادى و راهنما را نشان مى دهد.[56]

ايشان علت تلقّى تعارض ميان نظريه ى تكامل و برهان اتقان صنع را ضعف دستگاه هاى فلسفى معرفى مى كند و در نوشته ى ديگرشان به تعارض ميان اين نظريه و برهان مذكور اعتراف مى كنند ولى اصول آن را ناتمام و ناقص مى شمارند.

توضيح ايشان در بيان تعارض اين است كه وقتى در اثر تنازع بقا، موجودِ قوى تر و نيرومندتر ماندگار شد و از طرفى، بچه هاى جان داران، در اثر امتيازات و ويژگى هاى خاصى در اين نزاع برنده شدند و اين امتيازهاى تصادفى هم در اثر وراثت به فرزندان انتقال يافت.

در آن صورت، نظام خلقت نتيجه ى امتيازهاى پى در پى است كه هر كدام از آن ها به طور تصادفى و به حكم قانون تنازع بقا و بقاى انسب و اصلح به وجود آمده اند.

اگر اين نظام از ابتدا با همين امتيازها و خصوصيت ها به وجود آمده باشد، جز با دخالت مدبّر حكيم، قابل توجيه نيست; ولى اگر پيدايش آن را در يك حركت تدريجىِ صدها ميليون ساله بپذيريم، بدون وجود مدبر قابل توجيه است.[57]

از نظر نگارنده، تئورى انتخاب طبيعى، با اثبات وجود خدا منافاتى ندارد; زيرا :

اولا

دستاوردها و فرضيه هاى علوم تجربى به طور دائم در حال تغيير و تحول اند;

ثانياً

برهان اتقان صنع، تنها و حتّى عمده ترين دليل براى اثبات وجود خدا نمى باشد. براهين مهم تر و جدى ترى نيز در اين زمينه وجود دارد;

ثالثاً

نظام آفرينش به جان داران و گياهان انحصار ندارد تا با تئورى تكاملى جان داران بتوان دست از تدبير حكيمانه ى الهى شست.

چگونه مى توان با اصول داروينيسم، نظم در جهان بالا و سيارات و كهكشان هاى آسمان را توجيه و تبيين كرد ؟

رابعاً

مفهوم غايت و فيناليسم، مسئله ى كاملا فلسفى است و زيست شناسان، نفياً و اثباتاً حق اظهار نظر در آن باره را ندارند. وجود نيروهاى فوق طبيعى و نظارت بر جريان هاى طبيعت، ادعايى است كه فقط در قالب هاى فلسفى قابل اثبات يا نفى مى باشد;

خامساً

تغييرات تصادفى، هيچ گاه بر نفى هدف و علت غايى دلالت ندارد; زيرا جهل بشر، منشأ اين ادعا است و به تعبير مرحوم علامه ى طباطبايى، قول به اتفاق و تصادف، ناشى از جهل نسبت به اسباب حقيقى و نيز نسبت غايت به صاحب غايت است.[58]