وفي سنة (١٧٩٨) بدأ حملةً على مصر واحتل مدينة الإسکندرية في شهر تموز ( يوليه ) واشتبک مع جيش المماليک هناک فهزمهم وذلک في نفس الشهر ( تموز ) وواجهَ بعدها الأسطولَ البريطاني في نهر النيل ولکنه انهزم أمامهم ، وکان ذلک نهاية شهر تموز ( يوليه ). وتحالف الإنکليزُ مع روسيا والدولة العثمانية والنمسا والبرتغال ، کلّهم ضد نابليون الذي هاجم الدولة العثمانية هذه المرة في سوريا في شهر شباط ( فبراير ) من سنة ١٧٩٩ أي بعد حوالي ستة أشهر من حملته الفالشة على مصر ، وفشل في هذه المرة أيضاً ، واستمر بعد ذلک في عدة معارک واشتباکات هنا وهناک ورجع بعدها إلى فرنسا منتصف ذلک العام (١٧٩٩) ليجد الحکومة الجمهورية في فرنسا ضعيفة منهکة القوى فأسقط الحکومة القائمة هناک في التاسع من شهر تشرين ثاني ( نوڤمبر ) سنة ١٧٩٩ واستولى هو على السلطة وسمى نفسه ( قنصل ) لفرنسا