إلى النجف الأشرف يوم الخميس ٢٤ ربيع الأوّل بموكب قلّ نظيره ، وقد رقد في جوار إمامه أمير المؤمنين عليّ عليه‌السلام ، فيمقبرته الخاصّة الكائنة على الشارع العامّ من طريق الكوفة اليوم.

وقد كان يومه يوما مشهودا شاركت فيه جماهير المؤمنين ، وتعطّلت فيه الأعمال ، وأغلقت الأسواق ، وتوقّفت الدراسات الدينية لمدّة عشرة أيّام حزنا على شيخنا العظيم ، وأقيمت مجالس الفاتحة في النجف وفي كثير من أنحاء العراق وخارجه ، وامتدّت إلى يوم الأربعين.

كما أقيم في ذكرى أربعينيّته حفل تأبينيّ كبير في مدرسة الإمام البروجردي في النجف الأشرف يوم ٨ جمادى الآخرة سنة ١٣٧٥ ه‌ ، وأخرى في مدينة البصرة في ٢٢ جمادى الآخرة ، ألقيت فيها قصائد الرثاء وكلمات التأبين من قبل علماء الأمّة وأدبائها عبّرت عمّا لشيخنا رضوان الله عليه من مكانة سامية في نفوس المؤمنين ؛ وقد أرّخ وفاته شعرا عدد من الأفاضل ، كان من بينهم العلّامة السيّد محمّد الحلّي ، الذي قال :

وقد رثاه السيّد مصطفى جمال الدين بقصيدة عنوانها « الفتنة الكبرى » قالها بتاريخ ٢٣ / ١١ / ١٩٥٥ في حفل التأبين ، رثاء له وتأييدا لأخيه الشيخ محمّد رضا المظفّر ، الذي قاد حملة التجديد في الحوزة العلمية ، يقول في مطلعها :