با فوت آيةاللّه ميرزا محمد تقى شيرازى، آيةاللّه شيخ‌الشريعه اصفهانى رهبرى انقلاب را عهده‌دار شد. ايشان بى‌درنگ در بيانيه‌اى خطاب به مردم بر واجب بودن جهاد تا دستيابى به استقلال كامل عراق و بيرون راندن نيروهاى بيگانه از كشور تأكيد ورزيد و از مردم خواست تا با حفظ هوشيارى، همچنان به مبارزه عليه بيگانه ادامه دهند. [1]افزون بر اين، براى پيش‌گيرى از كندى و سستى در امر جهاد، آيةاللّه سيد ابوالحسن اصفهانى را به نمايندگى خويش برگزيد تا به منطقه درگيرى برود و از نزديك هدايت جهادگران را برعهده گيرد. [2]

تلاش همه‌سويۀ رهبران انقلاب عراق سبب شد انگليسى‌ها از انتخاب حاكم انگليسى (ويلسون) صرف‌نظر كنند و پادشاهى كه مورد رضاى شيعه و سنّى باشد براى عراق تعيين نمايند. لذا امير فيصل را كه از اهالى حجاز بود به‌عنوان پادشاه عراق برگزيدند.

فيصل، حاكم عراق، در سال 1341 قمرى به منظور قانونى جلوه دادن حاكميت خويش، اعلام برگزارى انتخابات نمود كه با مخالفت شديد علمايى همچون نائينى، سيد ابوالحسن اصفهانى و شيخ مهدى خالصى روبه‌رو شد. رژيم عراق اين سيد مجتهد مبارز را با شيوه ناپسندى به ايران تبعيد كرد، امّا شش‌ماه بعد بر اثر فشار مردم و آثار سوئى كه اين عمل عليه انگليس در پى داشت، ملك فيصل به طور رسمى از علماى تبعيدى عذرخواهى كرد و آنان را به عراق دعوت كرد و آنان نيز براى خالى نبودن حوزه نجف و ادامۀ مبارزات مردم به عراق بازگشتند. [3]