سفره إلى مشهد ـ إلى إصفهان ، كان عالمها آنذاك حجة الاسلام الرشتي ، فأراد الشيخ أن يعرف المقام العلمي لحجة الاسلام الرشتي ، فذهب إلى مجلس درسه ، وفي الدرس ألقى حجة الاسلام الرشتي إشكالا على تلاميذه وطلب منهم الجواب ، فلما سمع الشيخ الاشكال لقن الجواب لبعض من كان بجنبه ، فذهب هذا الشخص وذكر الجواب لاستاذه ، فبادر الاستاذ قائلا : هذا الجواب ليس لك ، وقائل هذا الجواب صاحب مراتب عالية من العلوم ، ثم قال : صاحب هذا الجواب إما الحجة ابن الحسن عجل الله فرجه أو الشيخ مرتضى النجفي ، فقال التلميذ : إنه للشيخ مرتضى النجفي ، فأرسل حجة الاسلام الرشتي بسرعة أشخاص ليعثروا على مكان الشيخ الانصاري ، فلما وجدوه في بعض الاماكن المعدة للزوار وأخبروه بأن الرشتي قادم لزيارته خرج هو أيضا لزيارته ، فالتقيا في الطريق ...

وفي سفر الشيخ أيضا إلى مشهد لما وصل إلى كاشان وبقي فيها أربع سنوات ليستفيد من الملا أحمد النراقي ، قال الشيخ النراقي عندما أراد الشيخ مفارقته : استفادتي من هذا الشاب ـ أي : الشيخ الانصاري ـ أكثر من إفادتي له.

وبعد الاسفار الطويلة التي كانت للشيخ أستقر في النجف ليستفيد من علمائها ، فحضر درس الشيخ علي بن الشيخ جعفر كاشف الغطاء ، ودرس الشيخ محمد حسن صاحب الجواهر ، والشيخ علي كاشف الغطاء هو آخر استاذ درس عنده الشيخ الانصاري ، ومن بعده لم يدرس على أحد ، بل كانت له حوزة مستقلة عامرة يدرس فيها.

ولما توفي الشيخ علي كاشف الغطاء كانت زعامة الشيعة بيد الشيخ حسن كاشف الغطاء أخي الشيخ علي ، والشيخ محمد حسن صاحب الجواهر.

وبعد وفاة الشيخ حسن كاشف الغطاء عام ١٢٦٢ ه‌ اختصت المرجعية بالشيخ محمد حسن صاحب الجواهر.

وفي سنة ١٢٦٦ ه‌ مرض صاحب الجواهر ، فأمر بتشكيل مجلس يحوي جميع العلماء ، فلما حضر جميع العلماء عنده قال صاحب الجواهر : أين الشيخ مرتضى ، ثم أمر