توفّي بمكّة سنة 1036 ق، كما ذهب إليه السيّد عليخان المدنيّ في سُلافة العصر، (ص 491) والخاتون آباديّ في وقائع السنين (ص 507).
وأمّا قول بعض الآخر في أنّ وفاته كانت في سنة 1033 ق فغير صحيح؛ لأنّ المؤلّف أرسل رسالة طهارة الخمر إلى سلطان عصره في سنة 1034 ق كما تقدم عند ذكر تأليفاته.
أمّا موضع دفنه فقال تلميذه في آخر رسالته مفرّحة الأنام:
اما معلى قبرستان عظمى است و در دامن كوهى واقع است و در او از قبور اهل كرامات و مقامات از اهل بلد و آفاق بسيار است ... و از مؤمنان صالح قبر سيد صالحين سيد نصير الدين حسين و قبر استاد فقير در علم شريف احاديث سلطان المحقّقين ملّا محمّد امين استرآبادى و ميرزا محمّد استرآبادى و شيخ محمّد بن شهيد ثانى (رحمهم اللَّه).
و از تفضّلات الهى به فقير يكى آن است كه چون در همين سال ثمرة الفؤاد فقير، سيد ابو جعفر كه پنج سال و نه ماه، نصف سوره «انّا فتحنا» خواند، و تصريف زنجانى را با امثله حفظ كرده باوالدهاش كه معاون فقير بود در طلب علوم سكينه بيكم رحمهما اللَّه و يك برادر ديگرش به دار بقاء رحلت كردند، سه قبر در موضعى كه مردم مىايستند و از براى خديجه 3 فاتحه مىخوانند، در مقابل صندوق آن حضرت، به فقير از جانب اللَّه مرحمت شده در يكى والده سيد ابو جعفر را دفن كرده و در يكى ديگر سيد ابو جعفر را، و به آن سبب قطع تعلّق از دنيا و ما فيها كرد ... و يك قبر ديگر را از براى خود ساخته و در اندرون آن رفته خوابيد و تلقين خواند و بعضى از سور قرآن و به امانت سپرد و اميد كه بعد از مردن همان كافى باشد. [1]
وقد تقدّم كلام صاحب رياض العلماء في ترجمته أنّه قتل في مكّة المعظّمة ودفن في
[1]. مفرّحة الأنام المطبوع في ميراث اسلامى ايران، ج 1، ص 390- 391.