در طول حكومت معاويه، سليم فعّاليت علمى خود را ادامه داد و بدعتها و جنايات معاويه، و نيز اقدامات او در وضع و تحريف احاديث را به دقّت در كتابش ثبت كرد.

سليم در زمان امام حسين عليه السّلام‌

پس از شهادت امام مجتبى عليه السّلام، سليم از ملتزمين و خواصّ اصحاب حضرت سيّد الشهداء عليه السّلام بود، و سن او در اين هنگام حدود 50 سال بود.

از سال 49 هجرى كه زياد از طرف معاويه حاكم كوفه شد سليم توانست با تقيّه كامل خود را از شر او حفظ كند، و حتّى با ايجاد ارتباط مخفيانه با نويسنده زياد، نامه سرّى معاويه را استنساخ كرد و آن را بعنوان يك سند تاريخى مهم ثبت كرد كه احدى غير از سليم بر آن دست نيافته است.

در سال 50 هجرى كه معاويه به بهانه حج به مدينه آمده بود، سليم هم از كوفه به مدينه آمد و گزارشى از سفر معاويه به مكه و مدينه و اقدامات او بر عليه شيعه تهيه كرد.

در سال 58 هجرى (دو سال قبل از مرگ معاويه)، امام حسين عليه السّلام در منى بيش از 700 نفر از صحابه و تابعين را جمع كرد و براى آنان خطابه‌اى بر عليه معاويه ايراد كرد. سليم در آن مجلس حضور داشت و فرمايشات حضرت را بطور كامل در كتابش نوشت. در اين ايام بيش از شصت سال از عمر سليم مى‌گذشت.

در سال 61 هجرى كه مصيبت عظمى يعنى شهادت امام حسين عليه السّلام اتّفاق افتاد، در صفحات تاريخ مطلبى از احوال سليم ديده نمى‌شود. به احتمال قوى او هم از زندانيان ابن زياد بوده است كه نتوانستند امام عليه السّلام را يارى كنند.

سليم در زمان امام زين العابدين و امام باقر عليهما السّلام‌

پس از شهادت حضرت سيّد الشهداء عليه السّلام سليم از اصحاب امام سجّاد عليه السّلام گرديد و در حضور آن حضرت خدمت امام باقر عليه السّلام را هم كه در سنين هفت سالگى يا بيشتر بودند درك كرد.