مرزهاى آزادى انديشه مبدل نمى‌كند و افكار غلط و اشتباه را از ابزارهاى لازم براى كشف حقيقت قلمداد مى‌كند. جان استوارت ميل در اين خصوص مى‌نويسد: «خزانه حقيقت از اشتباهات كسانى كه براى كشف حقايق جديد از نيروى انديشه و ابتكار خود استفاده مى‌كنند خيلى بيشتر بهره‌مند مى‌شود تا از عقايد كسانى كه آن عقايد را فقط به اين دليل كه حاضر نيستند زحمت انديشه را بر خود هموار كنند پذيرفته‌اند.

مراد اين نيست كه بگوئيم فكر آزاد فقط براى ساختن متفكران بزرگ لازم است برعكس براى اينكه موجودات متوسط بشرى بتوانند به آن درجه از وسعت فكرى كه استعدادش را دارند برسند امكان تفكر آزاد براى آنها شايد به همان اندازه بلكه بيشتر ضرورى باشد كه براى متفكران بزرگ». (استوارت ميل، پيشين، ص 98)

اسلام نه تنها آزادى انديشه را به رسميت شناخته بلكه مؤمنين را به تفكر و تأمل در راههاى شناخت و كشف حقيقت ترغيب و توصيه كرده است. بر همين اساس تقليد در پذيرش اصول دين را به كلى مردود اعلام كرده و لازمه ورود به اسلام را دريافت و كشف حقيقت بر اساس انديشه و تفكر عنوان كرده است طبق تعاليم اسلامى آزادى انديشه از آنجا كه معترض هيچ يك از حقوق سه گانه الهى، فردى و اجتماعى نمى‌شود، فاقد مرز و تحديد است، به همين دليل انديشه افراد فاقد مجازات اخروى و دنيوى است اگر چه انديشه درست و سالم در پيشگاه الهى موجبات قرب را فراهم مى‌سازد. از ديدگاه حضرت على (ع) هم حركت در مسير درست ملتزم تفكر و انديشه انسانى است: «لو فكروا فى عظيم القدره و جسيم النعمه لرجعوا الى الطريق و خانوالعذاب الحريق»؛ «اگر مردم در عظمت قدرت خدا و برزگى نعمتهاى او مى‌انديشيدند به راه راست برمى‌گشتند و از آتش سوزان مى‌ترسيدند». (نهج‌البلاغه، خطبه 185)

اسلام با به رسميت شناختن آزادى انديشه و نفى هر گونه مانع و رادع براى آزادانديشى، مومنين را به دورى از تفكر در برخى حوزه‌ها توصيه كرده كه مهم‌ترين آنها تفكر و تدبر در شناخت كنه وجود الهى است: «فاقتصر على ذلك و لاتقدر عظمه‌اللَّه سبحانه على قدر عقلك فتكون من الهالكين»؛ «به همين مقدار بسنده كن و خدا را با ميزان عقل خود ارزيابى مكن تا از تباه شوندگان نباشى». (نهج‌البلاغه، خطبه 91)