وفاته وعقبه:

توفي (قدس سره) في النجف الأشرف يوم الأربعاء المصادف 22 من شهر رجب سنة 1228 هجرية، وقيل يوم 27 منه، ودفن بمقبرته الخاصة جنب المدرسة والمسجد في محلة العمارة، وما زال قبره قائماً.

وقد رثاه السيد إبراهيم البغدادي وأرّخ وفاته، حيث قال:

وقد اقتفاه العلم قلت مؤرخاً (العلم مات بيوم فقدك جعفر)

وأعقب خمسة أولاد هم الفقيه المجتهد الشيخ موسى مصلح الدولتين، والفقيه المجتهد الشيخ علي صاحب (الخيارات) والفقيه المجتهد الشيخ حسن صاحب (أنوار الفقاهة) والشيخ عبدالله والشيخ محمد، والمعروف أن عقبه المتَّصل من أولاده الثلاثة الأوائل، وما زال العلم متصلا في عقبه إن شاء الله تعالى.