علت این مخالفت ها به درستی مشخص نیست. گویا وارستگی و عدم تقید ایشان به آداب مرسوم روحانیت و نیز اعتقادی که به اعلمیت خود و عدم اجتهاد دیگران داشت در این میان بی تأثیر نبوده است.

مرحوم سید مصلح الدین مهدوی درباره ایشان می نویسد:

"در زندگی طرز درویش مسلکانه ای دارد که اغلب معاصرین را خوش آیند نیست؛ لهذا مغرضین و بدگویان در هر جایی که رسیده باب غیبت و تهمت را گشوده وجود مبارکش را هدف سهام اغراض خویش ساخته اند ".[1]

آیه الله سید مرتضی موحد ابطحی می گوید:

"آقا سیّد علی از نظر علمی در مرتبه مرجعیّت بود، ولی عده ای نمی خواستند آن

بزرگوار به این مقام برسد.

به یاد دارم که سالی برای ایشان هلال ماه رمضان ثابت شده بود و حکم به اوّل

ماه کرد. عدهّ ای از آقایان علماء مخالفت کردند و حتی روی منابر به آن مرحوم

ناسزا گفتند!". [2]

آیه الله العظمی میر سید علی فانی در این باره می نویسد:

"وکیف کان، کما هو المعهود مورداً لإیذاء بعض الجهله والحسّاد من الطلبه؛ فکان

إذا أراد طبع کتاب من بعض العلماء الأقدمین المخطوط وأراد بعض التجار لإعطاء

نفقته، منعه بعض الحسّاد عن ذلک ویفشل السید رحمه الله.