حرم ابوالفضل علیه السلام یک گنبد و دو مناره دارد. قطر گنبد دوازده متر به صورت نیم کروی با نوک تیز و ساقه‌ای بلند است که از آن پنجره هایی با قوس‌های کمانی به بیرون گشوده می‌شود. ارتفاع آن 39 متر است و نمای داخلی و بیرونی آن به صورتی زیبا تزیین شده است. در نمای داخلی آیه‌هایی از قرآن کریم در میان کاشی‌های زیبا به رنگ سفید و به خط ثلث به چشم می‌خورد. تاریخ کاشی‌کاری، بر اساس کتیبه آن، 1305 ق‌است. [1] 431 این کار را امین الدوله صدر اصفهانی انجام داده است. [2] 432 در 1375 ق، نمای بیرونی گنبد با روکشی از طلا تزیین شد. این کار با تلاش مدیر اوقاف کربلا انجام یافت و در مجموع 6418 خشت طلا در آن به کار رفت. در قسمت پایین گنبد در نمای بیرونی، آیه هایی از قرآن همراه با آینه و طلاکاری نقش بسته است.
حرم مطهر دارای دو مناره در گوشه ایوان طلا و مجاورت دیوار حرم است. این مناره‌ها از کف تانیمه کاشی کاری است و داخل آن کلمات اللَّه، محمد، به طرز ماهرانه‌ای با کنار هم چیدن کاشی‌ها نمایان است. نیمه دوم مناره‌ها با پوششی از طلا تزیین یافته و ارتفاع آن‌ها به 44 متر می‌رسد. نوسازی و کاشی‌کاری آن را محمد حسین صدر اعظم فتحعلی شاه در 1221 ق انجام داده است. مجموعه خشت‌های طلای به کار رفته در دو مأذنه 2016 عدد است. [3] 433

حرم ابوالفضل علیه السلام را صحن وسیعی به مساحت 9300 متر مربع احاطه کرده و تمامی مساحت صحن و حرم 4370 متر مربع است. این صحن چهار ضلعی است و هر یک از ضلع‌های آن حجره‌های کوچکی دارد که تعداد آن به 75 حجره می‌رسد. این حجره‌ها محل اسکان طلبه‌ها یا محل دفن بزرگان، عالمان، اندیشمندان و مردان سیاست است.

[1] . آل طعمه، همان، 297.
[2] . ناصر الدین شاه، همان، 114.
[3] . مدرسی، همان، 49.