آتش‌سوزى شد. در نتيجه، خليفه عباسى، قائم بأمرالله، به ابوسعد صوفى، شيخ الشيوخ بغداد، دستور داد تا بناى آن را بازسازى كند.[1520] اين بازسازى در سال 460 ه. ق، به پايان رسيد و بنايى كه ساخته شد، همانند بيشتر بناهاى باقى‌مانده از آن دوران، از آجر و گچ بود.[1521]

در سال 612 ه. ق،، ملك المعظم، فرزند الناصر خليفه عباسى، در مقبره زمرد خاتون، مادر الناصر، واقع در نزديكى قبر معروف كرخى دفن شد[1522] و براى همين، الناصر در اين محل، مسجدى بنا كرد. اين مسجد در جريان طغيان رود دجله و به زير آب رفتن بغداد در سال 653 ه. ق، خراب شد. سپس در سال 678 ه. ق، به دستور شمس‌الدين محمد جوينى، بازسازى شد.[1523] امروزه در محل همين مسجد كه به علت بالا آمدن سطح زمين قبرستان، در دل زمين قرار گرفته، مسجد جديدى، ساخته شده است.

اين مسجد، بارها به دست چند تن از واليان عثمانى، بازسازى شده است؛ از جمله، در دوره‌هاى احمد پاشا در سال 1059 ه. ق،، عبدالرحمان پاشا در سال 1086 ه. ق، عمر پاشا در سال 1100 ه. ق و در دوره حسن رفيق در سال 1312 ه. ق. همچنين اداره اوقاف بغداد در سال 1386 ه. ق- 1966 م، آن را بازسازى كرده است. سپس در سال 1421 ه. ق- 2001 م، آن را توسعه داده و به‌طور كامل، نوسازى كرده و بخش‌هاى مختلف و مناره جديدى، به ساختمان آن، افزوده است.[1524]

[1520] . الكامل فى التاريخ، ج 10، ص 55؛ المنتظم، ج 16، ص 102.

[1521] . المنتظم، ج 16، ص 105.

[1522] . الكامل فى التاريخ، ج 12، ص 308.

[1523] . الحوادث الجامعة، صص 284 و 285.

[1524] . خير الزاد، ص 463.