مصطفى جواد و احمد سوسه، دو پژوهشگر بزرگ عراقى، در كتاب خود درباره شهر بغداد، اشاره كرده‌اند كه در دوره‌هاى اخير، گويا يك شخص ايرانى كه با جغرافياى تاريخى بغداد آشنايى نداشته است، با توجه به اينكه مسجد براثا، به‌طور كامل از بين رفته و او محل آن را نمى‌دانسته، نام براثا را بر مشهد منطقه نهاده‌[1037] و از آن پس، به تدريج اين زيارتگاه، به مسجد براثا شهرت يافته است و نام مشهد منطقه يا عتيقه، فراموش شده است؛ زيرا همان‌گونه كه پيش‌تر اشاره شد، مسجد براثا، در محله براثا در جنوب غربى شهر بغداد واقع بوده است؛ حال آنكه مسجد فعلى، در شرق بغداد كهن و ميان اين شهر و كاظمين، قرار دارد.

ساختمان كنونى مسجد براثا، حاصل توسعه و بازسازى آن در سال 1375 ه. ق، است و در حال حاضر، از بناى قديمى آن اثرى باقى نمانده است. با اينكه اين مسجد، در واقع مسجد عتيقه يا منطقه است و با مسجد تاريخى براثا، ارتباطى ندارد، اما امروزه داخل آن، آثارى وجود دارد كه با داستان حضور امام على (ع) در براثا و فضايل آن، ارتباط يافته است؛ از جمله در اين مسجد، سنگ سفيدرنگى به شكل يك ستون هشت‌ضلعى، خوابيده بر زمين، وجود دارد كه گفته مى‌شود حضرت مريم (ع)، فرزندش حضرت عيسى (ع) را روى اين سنگ گذاشته است. دوطرف اين سنگ، كتيبه‌اى تراشيده شده، حاوى اسامى چهارده معصوم (عليهم السلام)، به چشم مى‌خورد.[1038] براساس يك باور عاميانه، اسامى امامان بر اين سنگ، از پيش از اسلام وجود داشته است. اما بى‌ترديد، اين باور درست نيست و هيچ مدركى بر درستى آن، وجود ندارد.

همچنين در صحن مسجد، سنگ سياه‌رنگى، به شكلى نزديك به مكعب، وجود دارد كه به نام سنگ «مُنطقه» شناخته مى‌شود. ميان قسمت فوقانى آن، حفره‌اى وجود دارد كه در آن، به قصد تبرك يا طلب شفا، به‌ويژه كودكانى كه لكنت زبان دارند، آب ريخته مى‌شود.[1039]

[1037] . ر. ك: دليل خارطة بغداد المفصّل، مصطفى جواد و احمد سوسه، صص 85 و 91.

[1038] . دليل العتبات والمراقد فى العراق، صص 83 و 84.

[1039] . همان، ص 84.