سالک در تهذيب نفس، علاوه بر سلوک در راه‌هاي ذکر شده، بايد با حجاب‌هاي دروني و بيروني به مبارزه برخيزد و حجاب مال را با بخشش آن، و حجاب مقام را با دوري جستن از مناصب دنيوي و شهرت‌جويي، حجاب تقليد را با مجاهده‌ي صحيح علمي، و حجاب معصيت را با دوري از گناه و توبه، از خود بزدايد.

13. نکته و پيشنهاد مهم ملاصدرا اين است که سالک بايد براي سير و سلوک به شيخ و استاد وارسته‌اي مراجعه کند تا دستورهاي اوّليه‌ي گرسنگي، شب‌زنده‌داري، صمت و فروبستن لب و عزلت و تنهايي را از او درس بگيرد و نورانيت و جلاي قلب و پاکي از گناه را تحصيل کند.

14. صدر المتالهين با وجود اين که در اسفار اربعه به تاخر وجودي نفس بر بدن و اصل «جسمانيه الحدوث و روحانيه البقا» اعتقاد دارد، ولي در آثار ديگرش به تقدم وجودي روح بر جسم اشاراتي مي‌فرمايد؛ و شايد اين گرايش به سبب تاثير قرآن و احاديث پيشوايان دين باشد. وي در رساله‌ي مشاعر با استناد به عقل و شرع بر اين تقدم تصريح مي‌کند.

ملاصدرا در اين رساله مي‌نويسد: فظهر من هذه النقول بعد شهاده البرهان للعقول ان للارواح کينونه سابقه علي عالم الاجسام و العقول القادسه و الارواح الکليه عندنا باقيه ببقائه تعالي فضلا من ابقائه. و در کتاب عرشيه مي‌نويسد: قاعده للنفس الادميه کينونه سابقه علي البدن من غير لزوم التناسخ.

و اين نکات نشان دهنده‌ي توجه بيش‌تر ايشان به روايات معصومين است. در همين کتاب عرشيه مي‌نويسد: والروايات في هذا الباب من طريق اصحابنا لا تحصي کثره حتي ان کينونه الارواح قبل الاجساد کانها من ضروريات مذهب الاماميه رضوان الله عليهم.

اين تاثيرپذيري ملاصدرا از روايات اهل بيت عصمت و طهارت (ع) رنگ يوناني فلسفه‌ او را ضعيف کرده و به آن صبغه‌ي اسلامي بخشيده است.

البته شايد بتوانيم وجه جمعي براي اين دو ديدگاه ارائه کنيم و بگوييم: نفس از نظر ايشان هويتي مجرد و جسمانيه الحدوث و روحانيه البقاء است و در اثر تکامل و حرکت جوهري بدن محقق مي‌شود؛ اما علاوه بر اين حقايق يک واقعيت مجرد ديگري وجود دارد که سابق بر وجود بدن و نفس و امري الهي و ملکوتي است و به نوعي با انسان ارتباط برقرار مي‌کند.