خاصم أباه حين ذكر أمامه مرّة كلاماً كان سمعه من النبي في حقّ عليّ، فقال قيس لأبيه:

أنت سمعت رسول اللّه(صلى الله عليه وآله وسلم) يقول هذا الكلام في علي بن أبي طالب ثمّ تطلب الخلافة ويقول أصحابك منّا أمير ومنكم أمير....

ولاّه الإمام علي عليه السَّلام مصر في صفر سنة (36هـ)، فلما وصلها، قام فيهم خطيباً، وقال: الحمد للّه الذي جاء بالحق وأمات الباطل وكبت الظالمين، إنّا قد بايعنا خير من نعلم بعد نبيّنا(صلى الله عليه وآله وسلم) ، فقوموا أيها الناس فبايعوه على كتاب اللّه وسنة رسوله، فإن نحن لم نعمل لكم بذلك فلا بيعة لنا عليكم. فقام الناس فبايعوا واستقامت مصر.

وسعى معاوية إلى استمالته، بالإغراء أوّلاً ثمّ بالتهديد ثانياً، فكتب إليه قيس: أمّا بعد فالعجب من استسقاطك رأيي والطمع في أن تسومني لا أبا لغيرك الخروج عن طاعة أولى الناس بالأمر وأقولهم بالحق وأهداهم سبيلاً وأقربهم من رسول اللّه وسيلة، وتأمرني بالدخول في طاعتك طاعة أبعد الناس من هذا الأمر وأقوم بالزور وأضلّهم سبيلاً...

وعُزل قيس عن ولاية مصر بمحمد بن أبي بكر، وشهد مع علي عليه السَّلام وقعتي صفين والنهروان، وكان على ميمنة الجيش.

ولما ملك معاوية، وأحضر الناس لبيعته، قال قيس: إن كنت لأكره مثل هذا اليوم يا معاوية. ثمّ خاطب الناس، بقوله: لقد اعتضتم الشر من الخير، واستبدلتم الذل من العزّ، والكفر من الإيمان، فأصبحتم بعد ولاية أمير المؤمنين، وسيّد المسلمين، وابن عمّ رسول ربّ العالمين، وقد وليكم الطليق ابن الطليق