وبعد الاستيلاء على العراق سنة ٦٥٦ ه‌ عاد قطرا تابعا رأسا إلى حكومة المغول ودام حكمهم إلى عام ٧٣٨ ه‌ وكان العراق في بادىء أمره يعين ولاته من العراقيين ودام هذا الحال مدة ومن ثم راجت الفتن والتقولات من بعضهم على بعض حتى صارت الحكومة لا تأمن من أحد كما أنها نكلت بالكثيرين منهم الواحد أثر الآخر بما وقع بينهم من فتن ونسبة خيانة ونهب أموال ... ولم يترك هؤلاء وشأنهم وإنما كان يعين مع الوالي نائب من المغول وفي الغالب يشرك مع الوزير غيره ... وكان يعاقب المرتكب لخيانة ما بالإعدام ...

ثم صارت الحكومة تنصب وزيرا رأسا من أمرائها الذين دخلوا في حكم المغول من الايرانيين وزاد نفوذهم في الحكم بشدة ... وقد مضى الكلام عن جماعة منهم إلا أنه يلاحظ أن الولاة لا يذكر لهم شأن إلا في حوادث خاصة ومعينة ومن المحتمل أن هناك ولاة آخرين لم نطلع عليهم ممن قضوا حكمهم بهدوء وسكينة ...

وهؤلاء في الحقيقة رؤساء الديوان والقائمون بالإدارة الداخلية ـ كما كان الشأن أيام الدولة العباسية في عهدها الأول ـ وبيدهم الحل والعقد وهم المرجع وفي الأكثر لم يغير شيء من مألوف الأهلين ومن أصول الإدارة وأول وزراء بغداد ابن العلقمي وآخرهم علي شاه الاويراتي ... وكان القضاة يعينون من بغداد من أشهر المدرسين ومن تظهر له مكانة علمية ويعتبر قاضي بغداد قاضي القضاة وهذا انتزعت منه ادارة الوقوف وصار يعين لها من يسمى (صدر الوقوف) للنظر في الأوقاف الخيرية ولم يتعرض المغول للمناصب الدينية إلا لهذا المنصب فجعل للخواجة نصير الدين الطوسي ثم لابنه وبعدها انتزع وأعيد إلى قاضي القضاة ... وأبقى القوم لقاضي القضاة نائبا وهو يقوم بحسم