شهيد مطهري براي مبارزه با افکار الحادي، به توضيحات و پاورقيها در کتاب اصول فلسفه و روش رئاليسم بسنده نکرد و در پژوهشها و تأليفاتي ديگر و نيز برنامههاي آموزشي و تبليغي به افشاي اين مسير باطل و نقد افکار مادي پرداخت.[1]
آن شهيد براي خنثاسازي تفکرات مارکسيستي فعاليتهايي را نيز در دانشگاه آغاز کرد و در مجامع علمي و آموزشي، ضمن تبيين مسائل اساسي اسلام و روشن ساختن ابعاد فرهنگ اسلامي، ضعفها و نارساييهاي مکاتب بشري، بهويژه ماترياليسم را بازگفت. وي با ورودش به دانشگاه توانست افکار اسلامي را در آنجا گسترش دهد و با شبهات الحادي مبارزه کند.
آن شهيد در آذرماه 1350 مديريت گروه فلسفه و حکمت اسلامي دانشکده الاهيات دانشگاه تهران را پذيرفت. کساني ديگر نيز عضو اين گروه بودند و هدف از تشکيل آن،
[1] شهيد مطهري علاوه بر پاورقيهاي مفصل كه بر کتاب اصول فلسفه و روش رئاليسم نگاشته و مارکسيسم و ماترياليسم ديالکتيک را نقد کرده است، در منابع ذيل اين شيوه را ادامه داده است:
الف) نقدي بر مارکسيسم: که فراهم آمده از حدود چهل و پنج جلسه بحث و بررسي پيرامون فلسفه مارکسيسم است و در يک جمع خصوصي ايراد شده است. اين کتاب به دو بخش کلي تقسيم ميگردد که در بخش اول ديدگاهها و فلسفه مارکسيسم معرفي و تشريح گرديده و در بخش دوم بررسي و نقد آن انجام شده است.
ب) مسئله شناخت: حاوي مجموعهاي مشتمل بر ده جلسه سخنراني شهيد مطهري است که در محرم سال 1397 هجري برابر آذر و ديماه سال 1356 شمسي در کانون توحيد تهران ايراد نموده است.
ج) علل گرايش به ماديگري: هسته اولي اين کتاب دو سخنراني در همين موضوع در سالهاي 1348 و49 بود که بنا به دعوت انجمن اسلامي دانشجويان دانشسراي عالي در آن محل ايراد شد و شهيد مطهري آن دو سخنراني را با توضيحات و اضافاتي آماده کرد و در سال 1350 به طبع رسانيد. در سال 1352 اين كتاب تجديد چاپ شد و مطالبي بر طبع نخست افزوده گشت. اين کتاب نيز در نقد انديشههاي مادي در موضوع خداشناسي و ريشهيابي گرايش به افکار الحادي به رشته نگارش در آمده است.
همچنين شهيد مطهري در آثار ديگرش همچون يادداشتها، (جلد هفتم)، نظري به نظام اقتصادي اسلام،تکامل اجتماعي انسان،جامعه و تاريخ و کتاب حق و باطل، ابطال انديشههاي مارکسيستي را پي گرفته است (گلي زواره).